sam格式的结构和意义_vcf格式文件处理大全（一）

前面介绍过fasq，fastq，bam三种生物数据分析中常用的格式。fasta一般作为比对的参考序列，fastq为测序数据，将fastq比对到fasta则生成bam文件，对bam进行排序建立索引，就可以直接输出为vcf格式，这个系列我们来详细介绍一下vcf格式的操作。

1 文件格式介绍

VCF是Variant Call Format的简称，是一种定义的专门用于存储基因序列突变信息的文本格式。在生物信息分析中会大量用到VCF格式。例如基因组中的单碱基突变,SNP， 插入/缺失INDEL, 拷贝数变异CNV，和结构变异SV等，都是利用VCF格式来存储的。将其存储为二进制格式就是BCF。

1.CHROM [chromosome]：染色体名称，
2.POS [position]：参考基因组突变碱基位置，如果是INDEL，位置是INDEL的第一个碱基位置。
3.ID [identifier]：突变的名称，