bcftools学习笔记(一)

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本篇主要介绍index, view, query, sort, reheader这五个命令。

1. index

index命令用于对VCF文件建立索引，要求输入的VCF文件必须是使用bgzip压缩之后的文件，支持.csi和.tbi两种索引，默认情况下建立的索引是.csi格式， 用法如下

bgzip view.vcf
bcftools index view.vcf.gz

运行成功后，会生成索引文件view.vcf.gz.csi。如果需要建立.tbi格式的索引，用法如下

bcftools index -t view.vcf.gz

tbi索引文件为view.vcf.gz.tbi。

2.  view

view命令可以用于VCF和BCF格式的转换，用法如下

bcftools view view.vcf.gz -O u -o view.bcf

-O参数指定输出文件的类型，b代表压缩后的BCF文件，u<