使用orthomcl寻找蛋白家族并画Venn图

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手上有三个蛋白组，需要找到里面的ortholog，并做韦恩图。

但问题在于两物种直接可能存在一对多或者多对多的同源关系，所以必须先找到三个物种里涉及哪些蛋白家族，并且各家族包括哪些基因。

 

ortholog使用orthomcl做，基本按照网上教程来，主要需要注意

1.mysql需要打开本地file上传，可在orthomcl的config里面dbConnectString=dbi:mysql:orthomcl:localhost:3306;mysql_local_infile=1。

2. orthomclMclToGroups 命令后面参数<mclOutput>左右的括号不能少。

3. 序列名里面不要有空格。
4. 多序列丢到一个路径就行，参数直接给路径

 

转载于:https://www.cnblogs.com/cenkai/p/4822473.html