ANNOVAR的使用笔记1

#########The latest version of ANNOVAR (2017Jul16) (/opt/tools/annovar)

1. ANNOVAR 注释软件 (https://www.plob.org/article/9976.html)
2. http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/startup/#table_annovarpl
3. VCF 文件的解释 （http://www.bbioo.com/lifesciences/40-112830-1.html）
4. 快速入门：http://annovar.openbioinformatics.org/en/latest/user-guide/startup/

 1 ######ANNOVAR
 2 1#ANNOVAR建立数据库（未有的）
 3 cd /zs32/data-analysis/liucy_group/llhuang/Reflib 
 4 /opt/tools/annovar/annotate_variation.pl --buildver hg38 --downdb seq hg38SNPdb/hg38_seq
 5 
 6 /opt/tools/annovar/annotate_variation.pl --buildver hg38 --downdb wgEncodeGencodeBasicV26 hg38SNPdb/ 
 7 
 8 /opt/tools/annovar/retrieve_seq_from_fasta.pl --format genericGene --seqfile ./hg38SNPdb/hg38_seq/hg38.fa --outfile ./hg38SNPdb/hg38_wgEncodeGencodeBasicV26Mrna.fa ./hg38SNPdb/hg38_wgEncodeGencodeBasicV26.txt
 9 
10 cd ./hg38SNPdb/
11 mv hg38_wgEncodeGencodeBasicV26.txt hg38_ensGene.txt
12 mv hg38_wgEncodeGencodeBasicV26Mrna.fa hg38_ensGeneMrna.fa
13 #table_annoval.pl可以直接对vcf文件进行注释（不需要转换格式）
14 cd /zs32/data-analysis/liucy_group/llhuang/Reflib
15 /opt/tools/annovar/table_annovar.pl All_20170710.vcf hg38SNPdb/ --buildver hg38  --outfile hg38SNPanno --remove --protocol ensGene --operation g --nastring . --vcfinput --otherinfo
16 2#ANNOVAR下载数据库（已有的）
17 cd /zs32/data-analysis/liucy_group/llhuang/Reflib
18 /opt/tools/annovar/annotate_variation.pl --buildver hg38 -downdb -webfrom annovar ensGene humandb/
19 #table_annoval.pl
20 cd /zs32/data-analysis/liucy_group/llhuang/Reflib
21 /opt/tools/annovar/table_annovar.pl All_20170710.vcf humandb/ --buildver hg38  --outfile hg38SNPanno2 --remove --protocol ensGene --operation g --nastring . --vcfinput --otherinfo

 

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