对annovar注释的总结

新的一年到了，到了该更新数据库的时候了，首先就从常用的annovar软件以及所使用的数据库开始更新吧。

1.下载最新版的annovar软件，annovar.latest版本，需要一个edu的邮箱。

2.下载注释所用的数据库，官网上太多，可以根据需要自行下载，比如下载hg19版本的, clinvar数据库更新到20190305版本了，但是NCBI数据库已经更新到20191223了，可以自己下载后转化为annovar可用的格式。

$ annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom annovar refGene humandb/

$ annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom annovar refGeneWithVer humandb/  #下载加withVer版本的参考基因文件可以在注释时转录本带上相对应的版本号.1

$ annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb cytoBand humandb/

$ annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom annovar exac03 humandb/ 

$ annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom annovar avsnp147 humandb/ 

$ annotate_variation.pl -buildver hg19 -downdb -webfrom annov