Linux: 使用blastn 快速从二代数据组装基因组中同时获取多个核酸目标片段

构建数据库

mkdir bio-db

上传、拷贝、移动要构建数据库的FASTA文件到数据库

上传使用sftp等工具
拷贝
cp xxxxx.fasta  bio-db
移动
mv xxxxx.fasta  bio-db

# 切换到bio-db 文件夹
cd bio-db

构建本地数据库

# 更多makeblastdb命令，请用 makeblastdb -h 查询，这里只是举例

makeblastdb -in input_file -dbtype molecule_type -parse_seqids -out database_name -logfile File_Name

例
makeblastdb -in xxxxx.fasta  -dbtype nucl -parse_seqids -out A9.fasta -logfile A9.txt

-dbtype 后接序列类型，nucl为核酸，prot为蛋白

-parse_seqids 推荐加上

-out 后接数据库名

-logfile 日志文件，如果没有默认输出到屏幕

本地数据库构建成功

获取目标序列

blastn -query 参考目的片段（可内置多个参考序列） -db 数据库存放的位置 -out 输出的结果文件名 
blastn -query 11.fasta -db A9.fasta -out A9blast.txt -outfmt 6

-outfmt：输出文件格式，
0：成对输出，与在线比对结果相同
5：输出XML格式
6：输出table格式
7：输出带有注释行的table格式，有以下参数可通过’’7 参数’’的形式接在-outfmt后使用：

输出结果 

 cat A9blast.txt

结果如下图

从左到右各列参数为 Query_id Subject_id %_identity alignment_length mismatches gap_openings q. start q. end s. start s. end e-value bit_score 

 本次测试成功获得四种类型（ITS/TEF/TUB2/LSU）基因片段