批量读取_生信星球小练习—批量读取10X数据

最新推荐文章于 2024-04-02 15:24:27 发布
最新推荐文章于 2024-04-02 15:24:27 发布
阅读量4k 收藏 4
点赞数
文章标签： 批量读取
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_31669073/article/details/112705747
版权

061ec738defce3fadb91f935ca53d90c.png57df92f8e04fa155afd4b1005f73f48d.png 今天是生信星球陪你的第704天061ec738defce3fadb91f935ca53d90c.png

   大神一句话，菜鸟跑半年。我不是大神，但我可以缩短你走弯路的半年~

   就像歌儿唱的那样，如果你不知道该往哪儿走，就留在这学点生信好不好~

   这里有豆豆和花花的学习历程，从新手到进阶，生信路上有你有我！

豆豆写于2020.8.13
主要分为两个部分：前面用linux处理，后面用R处理

下载数据

选用的10X测试数据是：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/query/acc.cgi?acc=GSE108677

最低0.47元/天 解锁文章
Jason Bao
关注
  • 0
    点赞
  • 踩
  • 4
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
单细胞数据读取（二）之Read10X读不出来dgCMatrix报错
weixin_43949246的博客
11-18 1万+
前面我们也遇到过10x的数据读取不进去，如果大家遇到下面的报错，可以通过修改10x的原始重新读取，详细可以见链接https://blog.csdn.net/weixin_43949246/article/details/121225791 当然，这次跟大家说的是另一种10x的数据，同样的，我们先说报错，如果出现dgTMatrix的报错，我们该怎么办呢？ 这里给大家推荐一种解决方法，首先先定义个函数，修改读取的方式 read10x_ymc <- function( data.dir = NULL
单细胞分析流程加seuart包使用分析
小白卤菜的博客
08-24 1767
单细胞转录组学分析流程 下机数据的处理(10X为例) cell ranger是10X genomics公司提供的，专门用于分析10X单细胞转录组数据的Ppipline,包括原始数据的拆分，构建索引，表达定量，合并数据，聚类分类等多个功能。 下载-解压-加入环境变量 构建索引 cellranger mkref --genome=AT --nthreads=10 --fasta=Arbidopsis.fa --genes=Arabidopsis.gtf 定量 cellranger count --id=sam
单细胞分析过程遇到的问题(一)
m0_68600081的博客
02-04 1643
也是可以的，最后得到的结果也是一样的。’,‘’,samples) )，如果想换成H003，需要将代码改一下，但没这个必要，还是从1开始看起来比较好处理。gsub 的第一个参数是需要被替换的字符串，第二个参数是替换字符串的字符（即为空字符串）。一定得解压缩，然后就会出现三个文件，这是10x的标准文件（而且这个命名也是很重要的，一定得跟下面这三个一样，后面说）得到的结果是一样，但还是推荐第一个样本作为x，这是为什么呢？可以看到这里行的命名是以H001为开头的，为什么呢，这是由于gsub(‘
R语言 | R语言分析琐碎
weixin_40640700的博客
03-10 1467
首先，文件夹下应该存在三个文件，分别命名为： barcodes.tsv.gz matrix.mtx.gz features.tsv.gz 然后使用Seurat包中的，Read10X方法读取。 library(Seurat) data<-CreateSeuratObject(Read10X("./"),"ACC") 如上，即读取成功！ 如何跳过注释行（如#），读取.txt文件。使用参数：comment.char data<-read.table("GSE25219-GPL5175_ser.
单细胞测序笔记1：数据读取
weixin_53104392的博客
04-16 3837
我们先向R中安装如下包以确保准备工作的完成。
生信小白学单细胞转录组（sc-RNA）测序数据分析——R语言
热门推荐
qq_46397705的博客
09-14 1万+
10X单细胞转录组理论上有3个文件才能被读入R进行seurat分析，分别是barcodes.tsv 、 genes.tsv和matrix.mtx，文件barcodes.tsv 和 genes.tsv，就是表达矩阵的行名和列名。
生信知识点-串讲-富集分析_R生信_生物信息_富集分析_R富集分析_生信分析_
10-02
在R语言中，富集分析提供了强大的工具来解析基因表达数据并揭示潜在的生物学意义。本教程将深入讲解如何利用R进行富集分析，这对于理解和研究基因功能、通路以及疾病机制至关重要。 首先，富集分析的目标是检测在...
生信常见数据格式.pdf
03-28
生信常见数据格式.pdf生信常见数据格式.pdf生信常见数据格式.pdf生信常见数据格式.pdf生信常见数据格式.pdf生信常见数据格式.pdf
微生信GOID批量转名字并添加BP，MF，CC分类
09-19
微生信GOID批量转名字并添加BP，MF，CC分类：调用GO obo文件中的信息，批量将GOID转成GO term并添加分类信息。
土壤数据全球30S精度TIF栅格格式 ：T_TEXTURE(土壤质地)
03-11
土壤数据全球精度30S ：T_TEXTURE(土壤质地) 土壤类型空间分布数据，数据来源于Hamonized World Soil Database (version 1.1), 2009年，数据联合国粮农组织（FAO）和维也纳国际应用系统研究所(IIASA)所构建的世界...
新版TCGA数据整理，通过R语言实现TCGA数据整理
最新发布
04-05
新版TCGA数据的整理，将TCGA单个转录组数据整理成列为患者，行为基因的矩阵。可以通过修改参数整理Count、FPKM、TPM数据，根据自己的需要进行选择。
[单细胞|R]单细胞降维聚类
F_zero_T_hero的博客
02-13 1967
单细胞相关分析目前可谓是一颗明珠，故根据之前参加的培训整理系列常规教程。
seurat读取文件的格式 10x文件内容 mtx格式scanpy.read_10x_mtx scanpy读取10x格式
生信小博士的博客
03-11 3102
Seurat包之导入单细胞数据方式汇总 - 简书挖掘公共单细胞数据集时，会遇到常见各种单细胞测序数据格式。现总结如下，方便自己日后调用，以创建Seurat对象（1）barcodes.tsv.gz、features.tsv....
R语言：Read10X()函数读取小数据集异常缓慢的问题
watermel__的博客
08-12 2083
今天解决了个大问题！这样处理之后，一切问题迎刃而解，啥毛病都没有了，正常读取，非常快速！根据这段代码，我锁定了有问题的文件：genes.tsv。我灵机一动，那就换一种读法！
单细胞测序分析之小技巧之for循环批量处理数据和出图
悟道西方
08-12 1911
“harmony”整合不同平台的单细胞数据之旅生物信息学习的正确姿势NGS系列文章包括NGS基础、转录组分析（Nature重磅综述|关于RNA-seq你想知道的全在这）、ChIP-se...
Read10X存在三个文件缺显示缺失原因
weixin_57699783的博客
04-02 344
出现这种报错时，检查文件命名是否与上两种方式一致。若为否，则更改为一致后，再读取，应该能成功读取。
Cell Ranger count (gene expression) 输出文件解读
人间飞羽
06-02 3410
cellranger count 输出文件解读
Seurat 对象的构建和信息提取
jiangshandaiyou的博客
07-15 2836
seurat对象
NCBI SRA数据库使用详解
高锦的博客
09-26 7273
NCBI SRA数据库使用详解
python生信练习题
09-09
Python生信练习题是指使用Python语言解决生物信息学问题的练习题。这些练习题通常涉及处理生物信息学数据，如基因序列、蛋白质序列、基因表达数据等。在生物信息学领域，Python是一种常用的编程语言，因为它具有易于学习和使用的特点，并且有很多强大的生物信息学库和工具可供使用。 关于Python生信练习题，引用中的代码是一个示例，指定了一个文件路径，并将其赋值给一个变量。该代码的作用是打开一个名为test.expr的文件，并将文件内容读取到一个变量中供后续处理使用。 引用中的代码是一个示例，用于遍历一个名为test1.fq的文件，并对每一行进行处理。这个代码片段可以用在处理FASTQ文件的情境中，用于读取文件中的每一行内容，并进行相应的处理操作。 引用中的代码是一个示例，用于将读取到的行内容添加到一个字典中。这个代码片段可以用在处理FASTA文件的情境中，用于将文件中的每一行作为字典的值，以一定的规则添加到字典中。 以上是关于Python生信练习题的一些代码示例，可以根据具体的需求和题目要求使用相应的代码进行处理和解答。

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值