如何利用linux分析转录组数据库,转录组分析（8）----批量处理脚本了解一下

批量下载SRA文件：

提交到服务器版本

vim for.shcript

#BSUB -n 16

#BSUB -q priority

#BSUB -o for.log

for i in `cat sra_acc.txt`;do

x=$(echo $i | cut -b1-6)

y=$(echo $i | cut -b1-3)

ascp -T -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T

-l200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/$y/$x/$i/$i.sra

.

done

运行命令：bsub < for.script

Shell版本：

vim for.sh.........

for i in `cat sra_acc.txt`;do

x=$(echo $i | cut -b1-6)

y=$(echo $i | cut -b1-3)

ascp -T -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh -k 1 -T

-l200m anonftp@ftp-private.ncbi.nlm.nih.gov:/sra/sra-instant/reads/ByRun/sra/$y/$x/$i/$i.sra

.

done

运行命令：bash for.sh

其中sra_acc.txt为SRA数据的列表文件。

批量质控脚本：

提交到服务器上的脚本

vim fastq-dump.script

#BSUB -n 16

#BSUB -o fastq-dump.log

for i in *sra

do

echo $i

/gss1/biosoft/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64/bin/fastq-dump

--split-3 --gzip $i

done

~

运行命令：bsub

shell版本：

vim fastq-dump.sh

for i in *sra

do

echo $i

/gss1/biosoft/sratoolkit.2.8.2-1-centos_linux64/bin/fastq-dump

--split-3 --gzip $i

done

运行命令：bash fastq-dump.sh

批量转比对脚本：

#BSUB -q priority

#BSUB -o hisat.log

for i in *.fastq.gz;do

names=${i%_*}

UB -n 16

#BSUB -q priority

##BSUB