r语言做断轴_R语言做冗余分析（RDA）的一个简单小例子

最新推荐文章于 2022-02-23 00:40:30 发布
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冗余分析(redundancy analysis, RDA)自己之前也听过，好像是生态学研究中用的比较多，主要是用来探索环境和一些样本指标之间的关系。最近自己在看一些群体遗传相关的内容，发现RDA也可以用在群体遗传方面 ，比如这个参考链接 https://popgen.nescent.org/2018-03-27_RDA_GEA.html 就介绍了这个分析，主要研究内容自己还没有看明白：大体好像是利用芯片技术测了一些狼的基因型，同时采集了狼生活地点的环境数据，利用RDA同时分析基因型数据和环境数据。这个看的还有些模棱两可，还需要仔细看看。这个链接对应的两篇论文

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/mec.13364

835a6f4395f0eda96ea75d03e0685ef9.png

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1111/mec.14584

e89f55cce50aaaa727ffd5c40b9af75a.png

找资料的时候还找到了另外一篇论文

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1111/1755-0998.12906

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原谅教
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rda分析怎么做_R语言做冗余分析（RDA）的一个简单小例子
weixin_42311972的博客
02-21 6276
冗余分析(redundancy analysis, RDA)自己之前也听过，好像是生态学研究中用的比较多，主要是用来探索环境和一些样本指标之间的关系。最近自己在看一些群体遗传相关的内容，发现RDA也可以用在群体遗传方面，比如这个参考链接 https://popgen.nescent.org/2018-03-27_RDA_GEA.html 就介绍了这个分析，主要研究内容自己还没有看明白：大体好像是利...
R语言：冗余RDA分析（结合回归和主成分分多元的排序方法）+置换检验+变差分解图
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结合回归分析和主成分分析的排序方法使用：vegan包的rda()函数数据准备：变量之间要一一对应（比如都为30个样方）绘制RDA排序图（参数设置）参考R语言实践第三章：图形初阶RDA结果的置换检验：anova()注意：与方差检验无关。
R、冗余分析（RDA）、ggplot2、置信椭圆
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R、冗余分析（RDA）、ggplot2  在生态环境领域中，冗余分析（RDA）是我们常用的分析方法，分析目的为“解释变量”对“响应变量”的影响情况。类似RDA的方法，还有CCA。这里以RDA为例→数据处理、分析过后，我们需要对结果进行可视化，R语言ggplt2程序包无疑是可视化神器，然而，怎样利用ggplot2对RDA结果进行可视化，需要我们对RDA结果进行了解，提取需要展示的元素。 libra...
rda_2_r_冗余分析_vpa方差分析_
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RDA冗余分析及方差分解，对于解决环境主要影响因子作用明显。
rda冗余分析步骤_关于空间自相关分析在环境生态学领域的应用
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12-06 1172
思考和建议我们日常接触到的研究，有大量基于野外采样的内容。在这些基于野外采样的研究中，空间自相关是一个无法回避的问题。自相关(Autocorrelation)指的是比较对于同一个观察对象相近观察之间的相关性。常见的自相关关系包括时间自相关和空间自相关。时间自相关(Temporal autocorrelation)，在时间序列上的自相关性。空间自相关(Spatial autocorrela...
半贫液泵断轴分析.rar
05-11
标题中的“半贫液泵断轴分析”是一个与机械设备故障诊断和维修相关的主题，主要针对半贫液泵这种特殊类型的泵在运行过程中出现的轴断裂问题。半贫液泵通常用于化工、石油或电力等行业，它处理的液体含有一定比例的...
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05-17
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09-21
本文主要针对堆取料机行走机构中的一个重要问题——减速器扭力臂销轴断裂进行了深入的分析和研究。堆取料机是一种广泛应用于电力、煤炭等行业的大型物料搬运设备，行走机构是其关键组成部分，而减速器扭力臂则是行走...
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【PLCM1000破碎机主轴断裂故障分析及结构改进】 在煤炭开采过程中，溜煤口的堵塞问题常导致工作效率下降和安全隐患。为解决这一问题，平顶山工业职业技术学院与平煤机电装备劳动服务公司合作开发了PLCM1000煤矿用轮...
煤矿用胶带机减速机断轴分析及改进措施
05-17
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看到群里有老师在问“如何从p-value计算获得q-value”。今天简单进行下讨论，并附送一份可在命令行下独立运行的代码。首先，关于“P值”我们昨天讨论了“计算个“P值”，咱也不太懂，咱也不敢信”。大家或许还对下面的这张PPT还有印象：对于来自相同分布的两组样本，如果很多次采集数据并进行假设检验，“本不应显著的”两组样本也会出现P值很小的“显著结果”（“P-hacking”）。​上图中，我们对...
病毒组学数据分析 -03 deepvirfinder病毒序列识别
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python 线性回归 统计检验 p值_医学统计与R语言：样本方差的抽样分布
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大数据部落
02-23 3418
原文链接：http://tecdat.cn/?p=25564 原文出处：拓端数据部落公众号 冗余分析（redundancy analysis，RDA）是一种回归分析结合主成分分析的排序方法，也是多因变量（multiresponse）回归分析的拓展。从概念上讲，RDA是因变量矩阵与解释变量之间多元多重线性回归的拟合值矩阵的PCA分析。 本报告对植物生态多样性做了数据分析。 冗余分析 首先，加载数据。 要加载数据，所有文件都必须在工作目录中。 ste <- read.csv("s..
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rda冗余分析步骤_R for Everything: ggplot2 可视化 RDA 结果
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linian2763的博客
01-09 2万+
R语言中的.rda文件是rdata的简写，可用RStudio打开 也可以输入命令load(".rda文件绝对路径名")加载 生成.rda文件： save(data, file = "example.rda")
matplotlib 断轴
11-09
Matplotlib断轴是指在绘制图表时，当某些变量的数量级远大于其他变量时，为了将它们放在同一张图中，需要对坐标轴进行截断。Matplotlib没有直接提供这个功能，但可以通过一些技巧实现。其中一种方法是使用mpl_toolkits.axes_grid1库中的make_axes_locatable函数来创建一个新的坐标轴，并将其放置在原始坐标轴的位置上，然后在新的坐标轴上绘制数据。这样就可以实现断轴的效果。 举个例子，如果我们要绘制一组数据，其中有一个变量的数量级远大于其他变量，我们可以使用Matplotlib的断轴功能来将其放在同一张图中。具体步骤如下： ```python import matplotlib.pyplot as plt from mpl_toolkits.axes_grid1 import make_axes_locatable # 生成数据 x = [1, 2, 3, 4, 5] y1 = [10, 20, 30, 40, 50] y2 = [1000, 2000, 3000, 4000, 5000] # 创建画布和子图 fig, ax = plt.subplots() # 绘制数据 ax.plot(x, y1) ax.set_ylabel('y1') # 创建新的坐标轴 divider = make_axes_locatable(ax) ax2 = divider.append_axes("bottom", size="30%", pad=0.1) # 绘制数据 ax2.plot(x, y2) ax2.set_ylabel('y2') # 设置坐标轴范围 ax.set_ylim(0, 60) ax2.set_ylim(900, 5500) # 显示图形 plt.show() ``` 在这个例子中，我们使用make_axes_locatable函数创建了一个新的坐标轴，并将其放置在原始坐标轴的下方。然后在新的坐标轴上绘制了另一组数据。最后，我们通过设置坐标轴的范围来实现断轴的效果。
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