ggbiplot设置分组_R IN ACTION SELF-TUTORIAL-53 ggbiplot做PCA分析 2020-12-24

pca-1circle.png

清理历史记录

rm(list = ls())

数据准备与读取数据表

事先安装读取xl文件的readxl包：install.packages("readxl")

原始数据如下(存于xls文件中)：

Ca N P Fe Mg Growth

PLANT1 1 21 3 3 12 32

PLANT2 2 32 22 33 13 34

PLANT3 3 31 41 71 14 36

PLANT4 4 21 60 109 15 38

PLANT5 5 21 25 39 16 40

PLANT6 6 28 26 41 17 42

PLANT7 7 27 27 43 18 56

PLANT8 1 21 21 31 19 57

PLANT9 2 25 12 21 20 58

PLANT10 3 24 12 13 21 59

PLANT11 4 21 12 21 22 60

PLANT12 5 22 12 21 23 61

PLANT13 6 21 12 13 24 18

PLANT14 1 21 12 13 25 13

PLANT15 2 19 12 21 26 8

PLANT16 3 18 12 13 27 11

PLANT17 4 21 12 13 28 11

PLANT18 5 16 12 21 29 11

读取数据：

library(readxl)

d

d

赋值： 将数据改为 dataframe()

dfn

dfn

dfn.pca

dfn.pca

str(dfn.pca)

开始作图

如果没有安装过，先安装devtools,再用这个包安装ggbiplot：

install.packages("devtools") #安装devtools

install_github("vqv/ggbiplot") #安装ggbioplot

library(devtools)

library(ggbiplot)

ggbiplot(dfn.pca)

ggbiplot(dfn.pca, labels=rownames(dfn))

得到：

pca-1.png

绘制圈

p

p

p

p

p

得到：

image.png