GWAS分析基本流程及分析思路

1. 数据预处理（DNA genotyping、Quality control、Imputation）

QC的工作可以做PLINK上完成Imputation的工作用IMPUTE2完成

2. 表型数据统计分析

• • • 逻辑回归（表型数据为二元）

    • 线性回归（表型数据为连续性变量）

    • 表型数据正态分析（如果不是正态分布，需转换处理为正态分布）

    • 表型数据均值、中值、最大值、最小值

    • 影响因子对表型的影响分析

       

3.画曼哈顿图（GWAS）和QQ plot图

• • (一)、准备plink文件

  • （1）、准备PED文件

    

    
    PED文件有六列，六列内容如下：Family IDIndividual IDPaternal IDMaternal IDSex (1=male; 2=female; other=unknown)PhenotypePED文件是空格（空格或制表符）分隔的文件。

  • （2）、准备MAP文件