gwas snp 和_Science | 群体研究新思路：De novo + GWAS

前言

GWAS，即全基因组关联分析(Genome Wide Association Study)，是指在全基因组范围内对多个个体(一般300个以上)的单核苷酸多态性(SNP)进行检测，并进而将基因型与表型性状进行群体水平的统计学分析，根据统计量或显著性(p 值)筛选出与表型性状相关联的SNP位点，从而挖掘与表型相关的基因。GWAS分析依赖于高质量的参考基因组信息，对于群体数量足够大但没有高质量参考基因组的物种，首先利用三代de novo测序数据组装一个高质量染色体级别的基因组是非常有必要的。今天为大家分享的这篇文章将de novo测序与GWAS完美结合，下面让我们一起来解读一下吧。

发表期刊：Science

发表时间：2020.07

影响因子：41.845

背景介绍

受气候变化的影响，世界范围内的珊瑚礁正在急剧减少。升高的海水温度会导致珊瑚的白化 ——珊瑚宿主和它们共生鞭毛藻科的细胞内光合作用被破坏。因为微生物提供了宿主所需的最大能量，长时间的虚弱最终会导致群体的死亡。面对快速上升的温度，迫切需要新的保护策略来防止珊瑚覆盖的大规模损失，同时也需要人们对珊瑚白化的遗传基础有更多的了解。

珊瑚品种内部和种类之间对白化的反应各不相同。在印度洋-太平洋地区的一种单一分布的造礁珊瑚中，这些差异至少在一定程度上是遗传