linux安装bedtools2

最新推荐文章于 2024-08-24 18:59:41 发布

AnnyYoung

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分类专栏：生物信息软件文章标签： linux

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官网：https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/content/installation.html

$ wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.29.1/bedtools-2.29.1.tar.gz
$ tar -zxvf bedtools-2.29.1.tar.gz
$ cd bedtools2
$ sudo make
$ sudo  ln -s ”安装目录下的bedtools路径“ /usr/bin/bedtools

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安装bedtools详细步骤和详细介绍bedtools用法

zhengzaifeidelushang的博客

08-05

314

以下是典型的bedtools用法示例。在任何bedtools命令后使用“-h”选项将报告所有命令行选项的列表。报告两个BED文件中特征之间的碱基重叠。报告 A 中与 B 中没有条目重叠的条目。如“grep -v”从标准输入读取BED A。这在将命令串联在一起时非常有用。例如，查找与LINEs重叠但不与SINEs重叠的基因。找到每个基因最近的ALU。将重复元素的重叠部分合并为单个条目，并返回合并的条目数。将附近的重复元素合并为单个条目，只要它们相互之间的距离不超过1000 bp。

bedtools安装和常用命令，一站式搞定！

henlenya的博客

08-19

855

bedtools 是一个常用的基因组工具包，广泛应用于处理、分析和交叉比对基因组数据。它提供了一系列强大的工具来操作 BED、GFF/GTF、VCF 和 BAM 文件。

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bedtools2:bedtools-用于基因组算术的瑞士军刀

04-13

bedtools-用于基因组算术的瑞士军刀概括总体而言，bedtools实用程序是瑞士军刀，可用于各种基因组分析任务。使用最广泛的工具可以进行基因组运算：即在基因组上设定理论。例如，bedtools允许人们以广泛使用的基因组文件格式（例如BAM，BED，GFF / GTF，VCF）与多个文件中的基因组间隔相交，合并，计数，互补和混洗。尽管每个工具都设计为执行相对简单的任务（例如，将两个间隔文件相交），但可以通过在UNIX命令行上组合多个bedtools操作来进行相当复杂的分析。表现从2.18版开始，由于我们对用于处理按染色体和起始位置预先排序的数据集的算法进行了改进，因此bedtools可伸缩性大大提高。正如您在下面的图中所看到的，与未排序数据的不良缩放相比，已排序数据的速度和内存消耗可以很好地缩放。 bedtools的当前版本相交速度与bedops软件包的bedmap一

Linux 安装 bedtools2

YKenan的博客

09-05

4486

Linux 安装 bedtools21. 安装依赖2. 下载资源3. 解压编译4. 测试 1. 安装依赖 yum install gcc-c++ yum install zlib-devel 2. 下载资源 wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.25.0/bedtools-2.25.0.tar.gz 3. ...

Linux利用静态二进制文件安装bedtools2

HIJIRACHI的博客

06-14

413

Linux利用静态二进制文件安装bedtools2

CentOS7.9 无root安装 bedtools

生物信息学专栏(BioMooc)

06-26

475

最新安装步骤 (202305)

bedtools 的安装与使用

wangprince2017

11-25

1万+

下载v2.25.0版本的源代码，进行安装 wget https://github.com/arq5x/bedtools2/archive/v2.25.0.tar.gz tar zxvf v2.25.0 cd bedtools2-2.25.0/ make cd bin/ export PATH=$PWD:$PATH 2) 使用 intersect：求两个区间的交集，输入文件可以是bed,...

生信技能-高通量测序工具bam、samtools、bedtools及conda的下载和安装

weixin_43664814的博客

03-15

2992

用于建立 index；基于 BWT 算法，将 reads 比对到参考基因组；最新版本 bwa-mem2，Intel实验室对计算效率进行了优化。

RNA-seq——一、Linux软件安装

Dzfly

08-19

1974

在安装软件时，优先考虑conda安装。conda使用起来不仅方便快捷，而且能够帮助管理软件。当遇到conda安装不了的软件时，可以使用wget进行安装。都安装不了的话，就需要找到软件官网，看看是不是缺少依赖的环境或者软件已经停止维护了。总而言之，软件对应的官网很重要。

在Linux系统下如何用bedtools软件进行基因区间注释

05-28

首先需要安装bedtools软件，可以通过以下命令安装： ``` sudo apt-get install bedtools ``` 安装完成后，可以使用bedtools进行基因区间注释。以下是一个示例命令： ``` bedtools intersect -a genes.bed -b ...

bedtoolsr:R包包裹床工具

05-08

概述是用于基因组分析的一组广泛使用的实用程序。这个R包为床具功能提供了一个方便的包装器，允许在R环境中进行文档记录和使用。这包括所有功能的手册页以及主要的新增功能，包括提供文件路径或R对象作为输入和输出的功能。安装可以使用以下命令直接从GitHub安装bedtoolsr： install.packages("devtools") devtools::install_github("PhanstielLab/bedtoolsr") 请注意，如果在R的PATH中找不到bedtools ，或者您想使用特定的版本，则可以使用以下命令在R中手动指定所需的目录： options(bedtools.path = "[bedtools path]") 您也可以为特定版本的bedtools安装特定的版。下载相应的zip文件（不是源代码），解压缩并从R安装： install.packages

Linux下安装Python3.6及避坑指南

09-15

主要介绍了Linux下Python3.6的安装及避坑指南，非常不错，具有一定的参考借鉴价值,需要的朋友可以参考下

subprocess.CalledProcessError: Command ‘[‘which‘, ‘x86_64-conda_cos6-linux-gnu-c++‘]‘解决方案

最新发布

weixin_44874487的博客

08-24

1670

当前版本的 bedtools intersect 的速度与 bedops 软件包的 bedmap 相当（甚至稍快），后者也使用了类似的排序数据算法。总体而言，bedtools 工具集是一个多功能的工具包，可用于广泛的基因组分析任务。虽然每个工具都设计用于执行一个相对简单的任务（例如，交集两个区间文件），但通过在 UNIX 命令行上组合多个 bedtools 操作，可以进行相当复杂的分析。你希望识别出在两个实验中都观察到的峰（要求 50% 的相互重叠），并且对于这些峰，你希望找到最近的、不重叠的基因。

bedtools的使用

fengleqi的博客

06-15

996

http://blog.sina.com.cn/s/blog_182e021ed0102xa72.html区域注释，如peak注释，peak分布分析，peak与调控元件交集等。区域合并，如求算多样品peak合集，或合并重叠区域区域互补，如得到非基因区利用比对结果对测序广度和深度评估多样品peak相似性计算，评估ChIP类区域结果的样品相似性。...

Trimmomatic、bowtie2、samtools和bedtools安装过程全记录（已全部安装成功）

qq_42940869的博客

11-08

6844

首先你需要有一个linux的环境其次在linux系统下用浏览器打开trimmomatic的下载链接，下载最新版本对应的binary下载链接http://www.usadellab.org/cms/index.php?page=trimmomatic下载完成后，将其解压到一个新的文件夹中，然后复制trimmomatic-0.39.jar的路径，打开终端，输入jar <路径>/trimmomatic-0.39.jar，例如：jar /home/sai/workspace/go/src/pro

Bedtools 使用教程

gitblog_00409的博客

08-15

469

Bedtools 使用教程 bedtoolsA powerful toolset for genome arithmetic.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/be/bedtools 项目介绍 Bedtools 是一个强大的工具集，用于进行基因组算术操作。它被广泛应用于基因组分析任务中，特别是涉及基因组区间的集合论操作。Bedtools 支持多种基因组文件格...