最新安装步骤 (202305)
https://github.com/arq5x/bedtools2/releases
gcc 12:
$ gcc --version
gcc (GCC) 12.1.0
Copyright (C) 2022 Free Software Foundation, Inc.
下载和解压
$ /home/wangjl2/data/Downloads
$ wget https://github.com/arq5x/bedtools2/releases/download/v2.31.0/bedtools-2.31.0.tar.gz
$ tar -zxvf bedtools-2.31.0.tar.gz
有报错: tar: Ignoring unknown extended header keyword `LIBARCHIVE.xattr.com.apple.quarantine'
这个报错可以不用管,主要原因是压缩包是在mac系统上压缩的,
在linux系统解压会生成一些无法识别的信息,问题不大
编译
$ cd bedtools2
$ make -j20 #gcc (GCC) 12.1.0
$ make prefix=~/soft/bedtools2 install # 如果设置 ~/ 则安装到家目录下的bin/bedtools/中
添加到工作目录
$ vim ~/.bashrc #添加一行
export PATH=/home/$USER/soft/bedtools2/bin:$PATH
载入配置
$ source ~/.bashrc
查看版本号
$ which bedtools
~/soft/bedtools2/bin/bedtools
$ bedtools --version
bedtools v2.31.0