差异表达基因热图怎么看_【生信】憨憨版分析转录组基因表达差异（二）

最新推荐文章于 2024-03-29 15:09:42 发布

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文章标签：差异表达基因热图怎么看

本文介绍了如何查看和分析转录组数据中的差异表达基因热图，通过pheatmap函数展示不同样本间基因表达差异，并用无标注火山图进一步呈现显著性变化的基因。

摘要由CSDN通过智能技术生成

【简单热图】

# 调用下载的pheatmap包。 library(pheatmap)#设置当前工作目录，setwd("目标路径")即保存待测文件的目录，使R能够调用。 setwd("C:/Users/81927/Desktop") # exp,样品表达量；cellwidth，热图每格宽度；cellheight，热图每格高度； # cluster_cols，对列进行聚类；cluster_rows，对行进行聚类； exp

pheatmap(exp,cellwidth = 20,cellheight = 10, cluster_cols = T, cluster_rows = T)

# 对表达量取以2为底的对数 pheatmap(log((exp+1),2),cellwidth = 20,cellheight = 10,cluster_cols = T,cluster_rows = T)# 更换热图颜色，colorRampPalette函数支持自定义的创建一系列的颜色梯度。

pheatmap(log((exp+1),2),cellwidth=20, cellheight=10, cluster_cols=F, cluster_rows=T, color=colorRampPalette(c("navy","white","red"))(10))