ios 部分string颜色_R语言可视化STRING分析的蛋白互作网络(PPI)

使用STRING构建蛋白互作网络(PPI)

STRING 链接 https://string-db.org/ 数据集我使用R语言包clusterProfiler中经常用作示例的基因列表 获取gene symbol的代码

library(clusterProfiler)
help(package="clusterProfiler")
library(DOSE)
data(geneList)
geneList
genelist<-names(geneList)[1:30]
gene.df<-bitr(genelist,fromType = "ENTREZID",
              toType = "SYMBOL",OrgDb = "org.Hs.eg.db")
gene.df
write.table(gene.df$SYMBOL,file="../../PPI_pra_example_gene_symbol.txt",
            row.names = F,quote = F,col.names = F)

将gene symbol上传到 STRING网站 得到结果

107ef72753eca5a73a7f8386bdc52f1e.png

但是现在我想编辑这个图像,所以我就可以下载文件

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