使用STRING构建蛋白互作网络(PPI)
STRING 链接 https://string-db.org/ 数据集我使用R语言包clusterProfiler
中经常用作示例的基因列表 获取gene symbol的代码
library(clusterProfiler)
help(package="clusterProfiler")
library(DOSE)
data(geneList)
geneList
genelist<-names(geneList)[1:30]
gene.df<-bitr(genelist,fromType = "ENTREZID",
toType = "SYMBOL",OrgDb = "org.Hs.eg.db")
gene.df
write.table(gene.df$SYMBOL,file="../../PPI_pra_example_gene_symbol.txt",
row.names = F,quote = F,col.names = F)
将gene symbol上传到 STRING网站 得到结果
![107ef72753eca5a73a7f8386bdc52f1e.png](https://img-blog.csdnimg.cn/img_convert/107ef72753eca5a73a7f8386bdc52f1e.png)
但是现在我想编辑这个图像,所以我就可以下载文件