PPI网络实战：String加CytoScape联手挖掘PPI网络

最新推荐文章于 2023-10-30 19:09:04 发布
VIP文章 最新推荐文章于 2023-10-30 19:09:04 发布
阅读量1.4w 收藏 52
点赞数 7
分类专栏： 转录组 文章标签： PPI cytoscape string
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/83754652
版权

欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》!

在之前的文章中，我们提到利用网络聚类算法可以从复杂的蛋白质网络中挖掘蛋白复合体或者相应的功能模块，其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白复合体的算法。

MCODE全称molecular complex detection, 是最广泛使用的挖掘蛋白复合体的算法之一，在cytoscape 软件中提供了一个MCODE插件，可以方便的对网络进行聚类。

cytoscape 是一个功能强大的网络可视化软件，除了基本的可视化之外，通过各种插件，还可以轻松的实现各种数据分析，插件的下载地址如下

http://apps.cytoscape.org/

众多插件中，也可以看到MCODE插件的下载使用率名列前茅。
在这里插入图片描述
在下载插件时，建议先打开cytoscape软件，这样可以直接在线安装，非常方便。

构建PPI网络，我们需要一个基因列表，比如转录组分析得到的差异基因列表，然后到String网站上，进行检索，示意如下

最低0.47元/天 解锁文章
生信修炼手册
关注
  • 7
    点赞
  • 踩
  • 52
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
专栏目录
String+CytoScape构建PPI网络
xiaobai1_1的博客
11-30 1万+
1.下载CytoScape Cytoscape是一款专业强大好用的物生信息分析软件，主要达用于专业的研究人员使用，软件主要适用于整合模块化网络和生物科学联系网络图的绘制，支持多种文件格式，导入后就可以直接进行编辑或者分析等操作了，除此之外，软件还提供了强大的编辑工具，支持添加相应的注释信息，软件基于java环境组件打造。 下载地址：https://cytoscape.org/ 因为软件基于java...
Cytoscape软件使用之STRING的PPI文本文件导入画连通图
铭&婵旭博客
03-10 5281
最近在用cytoscape软件分析我DGEs的蛋白互作网络图，用到了这个软件中的节点和边的设置，以及网络节点根据各种算法来布局。下面我将按照五个部分来介绍，分别是数据导入，节点设置，边设置，布局展示，图片/文件导出。说明下我的cytoscape是3.7.1的，安装的时候java环境是jdk8 一、数据导入 1、我们事先在STRING网站输入已经整理好的差异表达基因，然后会生成一个网络图，同时生成一个.tsv的文件，把这个文件下载下来，用Excel打开，里面就有我们连通的节点，以及其他属...
cytoscape-node-html-label:cytoscape节点的标签。 演示版
05-25
cytoscape-node-html-label 描述 此扩展提供了为Cytoscape节点添加标签的功能。 简单的例子： cyInstance.nodeHtmlLabel( [{ tpl: d => '<div>' + d + '</div>' }] ); 演示： : 特征 针对具有大量节点的高性能进行了优化，以实现平滑的平移和缩放。 具有不同模板的可自定义标签。 依存关系 Cytoscape.js ^ 3.0.0 使用说明 下载库： 通过npm： npm install cytoscape-node-html-label ， 通过bower install cytoscape-node-html-label ： bower install cytoscape-node-html-label ，或 通过直接从存储库（可能是从标签）下载。 纯HTML / JS已自动为您注册
Java笔记023-包装类、String类、字符串的特性、String类、StringBuffer类、StringBuilder类
qq_59621600的博客
01-11 593
Java笔记023-包装类、String类、字符串的特性、String类、StringBuffer类、StringBuilder类
【string 类的使用方法（总结）】
m0_68872612的博客
02-02 1083
有关C++String类的入门级详细教学，快来看看吧！
GEO生信数据挖掘（十一）STRING数据库PPI蛋白互作网络 & Cytoscape个性化绘图【SCI 指日可待】
最新发布
zzh1464501547的博客
10-30 3685
通过 前面十篇文章的学习，我们应该已经可以获取到一个”心仪的基因列表“了，相较于原始基因数量，这个列表的数量已经有了明显的缩小，为了进一步确定Hub gene 需要借助两个工具。使用STRING在线数据库进行PPI分析。使用Cytoscape本地客户端进行蛋白互作关系图绘制。
Cytoscape 绘图的时候标注节点的多标签
qq_24483817的博客
05-27 758
cytoscape的节点使用多标签
STRING:蛋白质相互作用(PPI网络)数据库简介
热门推荐
庐州月光的博客
11-06 6万+
欢迎关注微信公众号《生信修炼手册》! 研究蛋白之间的相互作用网络，有助于挖掘核心的调控基因，目前已经有很多的蛋白质相互作用的数据库，而string绝对是其中覆盖的物种最多，相互作用信息做大的一个，网址如下 https://string-db.org/ 该数据库的最新版本为version 10.5, 更新于2017年5月14号，存储了2031个物种，9643763种蛋白，共1380838440个...
Cytoscape.js 网络图
A+的博客
11-13 6305
功能快捷键 撤销：Ctrl/Command + Z 重做：Ctrl/Command + Y 加粗：Ctrl/Command + B 斜体：Ctrl/Command + I 标题：Ctrl/Command + Shift + H 无序列表：Ctrl/Command + Shift + U 有序列表：Ctrl/Command + Shift + O 检查列表：Ctrl/Command + Shift ...
cluego使用说明_PPI网络实战:String加Cytoscape联手挖掘PPI网络
weixin_39779739的博客
02-01 1112
欢迎关注”生信修炼手册”!在之前的文章中，我们提到利用网络聚类算法可以从复杂的蛋白质网络中挖掘蛋白复合体或者相应的功能模块，其中MCODE算法是最常用的挖掘蛋白复合体的算法。MCODE全称molecular complex detection, 是最广泛使用的挖掘蛋白复合体的算法之一，在cytoscape 软件中提供了一个MCODE插件，可以方便的对网络进行聚类。cytoscape 是一个功能强大...
ThematicMapApp:专题地图 Cytoscape App
07-10
专题地图应用专题地图 Cytoscape App
computer_network_visualisation:使用Dash Cytoscape从数据包捕获中可视化网络
05-04
使用Dash Cytoscape从数据包捕获中可视化网络 安装 克隆回购 git clone [email protected]:ejooco/computer_network_visualisation.git 创建虚拟环境 virtualenv venv 激活虚拟环境 视窗 .\venv\Scripts\activate.bat ...
py2cytoscape:适用于Cytoscape和Cytoscape.js的Python实用程序
05-01
py2cytoscape 安装 可以使用conda ， pip安装py2cytoscape。 conda conda安装igraph与py2cytoscape。 您不需要自己安装igraph 。 conda install -c conda-forge py2cytoscape 最新稳定版本（pip） pip3 install py...
Cytoscape_workflows:具有不同cytoscape工作流程的笔记本的集合
05-08
Cytoscape工作流程 作为R的工作流的集合笔记本使用R中的功能来处理数据，并使用cyRest直接与Cytoscape通信。 浓缩地图管道 一组R笔记本，用于将表达数据转换为排名列表，并通过Pathay富集管道运行它们。 途径富集...
cytoscape_neo4j:用cytoscape.js展示neo4j网络关系图
06-03
用cytoscape.js展示neo4j网络关系图 用可视化的方式来展示网络关系图是一件挺有趣的事情，在选定用cytoscape.js来显示neo4j图形数据库的数据后我做了一个原型，并用下面三篇博客来记录了做原型的过程。
用R的igraph包来画蛋白质互作网络图 | PPI | protein protein interaction network | Cytoscape...
weixin_34352449的博客
03-22 7115
igraph语法简单，画图快速。 Cytoscape专业，个性定制。   最终效果图：  当然也可以用Cytoscape来画。       参考：Network visualization with R Cytoscape http://www.360doc.com/content/17/0305/22/19913717_634279918.shtml  ...
Cytoscape——实例
weixin_30680385的博客
07-02 1万+
本文将具体操作怎样用Cytoscape绘制网络图 Cytoscape所支持的数据格式：1.*.sif格式： nodeA<interaction>nodeB nodeC<interaction>nodeD …即文件分为三列，第一列和第三列是有相互作用关系的基因名或蛋白质名等，第二列是相互作用的名称*.sif格式简单，容易处理，但它不能规定每个节点的位置、大小、形状等。...
Redis
weixin_45801266的博客
12-06 223
Redis使用
Web前端的学习与应用
XQ_898878888的博客
08-07 1900
1. 简介 1.1 Web前端 前端位于整个项目首要要开发的内容，直接和用户打交道，实现页面的展现和交互功能，所以在分类上俗称为前端。随着软件技术的日趋成熟，前端内容也呈现爆炸式的增长，和革命性的变革，前端借鉴后端的发展经验，也开始应用分层体系，也开始术有专攻，解决一个专项的问题，也开始变得庞大和臃肿。从简单单一功能向框架过渡。 1.2 软件架构图 1.3 技术栈 HTML ———— 页面展示 CSS ———— 页面美化 BootStrap ———— 前端UI（User Interface） Jav
Cytoscape绘制ppi网络图
03-31
Cytoscape是一款开源的生物信息学工具，可以用于绘制和分析复杂网络图。以下是使用Cytoscape绘制PPI网络图的步骤： 1. 准备数据：从公共数据库（如STRING、BioGRID）中下载PPI数据，并将其保存为.txt或.csv格式的文件。 2. 安装Cytoscape：在Cytoscape官网上下载最新版的软件，并按照提示进行安装。 3. 导入数据：打开Cytoscape软件，点击“File”菜单中的“Import”选项，选择PPI数据文件并导入。 4. 布局网络：在Cytoscape的“Layout”面板中选择合适的布局方法，如“Force-directed”或“Circular”，以便更好地展示网络结构。 5. 设置节点和边的属性：可以根据节点的度数、注释信息等属性来设置节点的大小、颜色和标签，也可以根据边的权重来设置边的粗细和颜色。 6. 添加节点和边的注释信息：可以从公共数据库（如UniProt、GO）中下载相关的注释信息，并将其添加到节点和边的属性中，以便更好地理解网络结构和功能。 7. 导出网络图：完成网络图的制作后，可以将其导出为图片或PDF文件，以便更好地展示和分享。

“相关推荐”对你有帮助么？

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值