做肿瘤研究的过程中,生存分析是一个很常见的研究分析,研究者可以根据生存分析的结果判断某个因素,比如基因表达,对患者预后生存的影响
TCGA这个肿瘤研究的宝库包含了多个肿瘤的生存数据,一直以来都是数据挖掘的宝库。对于想要研究肿瘤的医学生来说,不会R语言编程是个痛点,今天给大家介绍几款在线小工具供大家参考学习,方便大家研究基因表达与生存的关系。
一OncoLnc
01网址:http://www.oncolnc.org/
进入网站后,网站提示可以对TCGA的mRNA、miRNA、lncRNA进行分析,在主页那个大大的框框内,输入基因名,则可以显示一个基因在多个肿瘤中对生存分析结果。02应用示例:(以TP53为例)
03内容简要解读
❒Cancer
肿瘤,光标放在蓝色点点的i上面可以查看每个肿瘤的全称;
❒ CoxCoefficent
基于多变量回归分析检验而得到的结果,正Cox系数表明基因的高表达会增加死亡的风险,而负Cox系数则相反;
❒ P-Value
同样也是基于多变量回归检验的结果;
❒FDR-Corrected
对单个肿瘤的p值进行FDR校正后的结果;
❒Rank
研究者认为研究某个基因在多个肿瘤中对预后的影响程度时,使用p值进行比较是不靠谱的,而使用Rank后的等级强度比较则是一个简单也更好的方式。数值越小说明越重要;
❒Median Expression (第一个)
是对单个基因在