R语言 plot swimmer_TCGA生存分析的偷懒捷径:不用R语言,照样画曲线

做肿瘤研究的过程中,生存分析是一个很常见的研究分析,研究者可以根据生存分析的结果判断某个因素,比如基因表达,对患者预后生存的影响

TCGA这个肿瘤研究的宝库包含了多个肿瘤的生存数据,一直以来都是数据挖掘的宝库。对于想要研究肿瘤的医学生来说,不会R语言编程是个痛点,今天给大家介绍几款在线小工具供大家参考学习,方便大家研究基因表达与生存的关系。

一OncoLnc

01网址:http://www.oncolnc.org/

进入网站后,网站提示可以对TCGA的mRNA、miRNA、lncRNA进行分析,在主页那个大大的框框内,输入基因名,则可以显示一个基因在多个肿瘤中对生存分析结果。02应用示例:(以TP53为例)03内容简要解读

❒Cancer

肿瘤,光标放在蓝色点点的i上面可以查看每个肿瘤的全称;

❒ CoxCoefficent

基于多变量回归分析检验而得到的结果,正Cox系数表明基因的高表达会增加死亡的风险,而负Cox系数则相反;

❒ P-Value

同样也是基于多变量回归检验的结果;

❒FDR-Corrected

对单个肿瘤的p值进行FDR校正后的结果;

❒Rank

研究者认为研究某个基因在多个肿瘤中对预后的影响程度时,使用p值进行比较是不靠谱的,而使用Rank后的等级强度比较则是一个简单也更好的方式。数值越小说明越重要;

❒Median Expression (第一个)

是对单个基因在

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TCGA(The Cancer Genome Atlas)是一个大规模的癌症基因组项目,它为研究人员提供了丰富的癌症基因组和临床信息。R语言是一种流行的统计分析和数据可视化工具,广泛应用于生物信息学和癌症研究领域。 在R语言中进行TCGA生存分析,首先需要下载TCGA数据集。可以从TCGA官方网站或使用相关的R包(如“TCGAbiolinks”、“RTCGA”)下载数据。下载完成后,可以使用R语言加载数据,并利用生存分析方法来研究患者的生存情况。 生存分析的目的是评估一个特定群体的生存概率,并确定可能影响生存的因素。常用的生存分析方法包括Kaplan-Meier曲线和Cox比例风险模型。 在R语言中,可以使用“survival”和“survminer”等包来执行生存分析。首先,可以使用Kaplan-Meier方法绘制生存曲线,根据不同的组别(例如基因表达的高低)比较生存情况。接下来,可以使用Cox比例风险模型来评估各种因素对生存的影响,以及它们的相对风险。 除此之外,还可以使用R语言进行生存分析的其他扩展和应用。例如,可以进行生存预测和分类器构建,通过基因表达数据预测患者的生存风险,并构建分类器将患者划分为不同的生存组。 综上所述,R语言提供了丰富的工具和包来进行TCGA生存分析。这些工具可以帮助研究人员对癌症数据进行生存分析,并提取患者的生存信息,以了解癌症发展的潜在机制和生存预测。

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