TCGAplot在线版：输入基因，一键绘制TCGA泛癌肿瘤vs正常box图

1.TCGA简介

TCGA（The Cancer Genome Atlas）收集了大量癌症样本的数据，涉及33种不同癌症、超过 20000个样本，包括外显子组测序、RNA 测序、microRNA 测序、拷贝数变异、蛋白质组和甲基化组，临床信息等数据，研究者可以利用各种生物信息学工具和统计方法来挖掘数据中的有用信息，推动癌症研究的进展。

2.TCGAplot简介

华科同济医院的王雄老师课题组利用TCGA数据库，开发了一个TCGA多组学数据泛癌分析和可视化R包TCGAplot[1]。用于泛癌表达以及基因表达与 TMB、MSI、TIME 和启动子甲基化之间相关性等分析。

该包整合了配对和未配对的TPM矩阵，Meta、TMB、MSI、启动子甲基化、免疫细胞比率和免疫评分等数据，极大地方便了我们进行泛癌分析，堪称泛癌分析的“神器”。

3.一键在线泛癌肿瘤vs正常box图

然而，由于R包安装与使用需要相关专业知识，受众有限。为了更好地帮助大家挖掘TCGA，我们与王老师沟通后，决定将TCGAplot R包的强大功能逐步做成在线版供大家免费使用。

今天，给大家带来的第一个函数：某个基因在肿瘤和正常样品中的表达box图。

3.1 打开作图URL