肘方法确定聚类数k_如何确定细胞聚类的PC数

最新推荐文章于 2024-07-13 23:08:18 发布
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文章标签： 肘方法确定聚类数k
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本文介绍了使用肘方法确定单细胞聚类中主成分（PC）的数量，通过DimHeatmap、ElbowPlot和JackStrawPlot三种方法得到PC的粗略范围，并提出三个具体标准来选择合适的PC阈值：主成分累积贡献率、单个PC方差贡献和相邻PC差异。此外，内容还涉及Seurat软件在单细胞多组学分析中的应用。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

作者 | 单细胞天地小编  柠檬不酸

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准备

官网上PC数目的确定(https://satijalab.org/seurat/v3.1/pbmc3k_tutorial.html)

1library(Seurat)
2
3load(file = 'Cluster_seurat.Rdata') # data.filt
4seurat_data 

方法一：DimHeatmap函数

1# Explore heatmap of PCs
2DimHeatmap(seurat_data, dims = 1:6, cells = 500, balanced = TRUE)

5761e4a7146f0108b6a07942cd2eb273.png

1DimHeatmap(seurat_data , dims = 7:12, cells = 500, balanced = TRUE)

d305beeca42650c74428e174d93e377a.png

方法二：ElbowPlot函数

1# Plot the elbow plot
2ElbowPlot(object = seurat_data ,  ndims = 30)

5b07359863beebb9073bf03b7762e194.png

方法三：JackStrawPlot函数

1# Slow slow slow
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