mysql的genelog_小白实战课堂！转录因子的候选靶基因查询～～

原标题：小白实战课堂！转录因子的候选靶基因查询～～

一文学会Harmonizonme和hTFtarget数据库使用方法

嗨，小伙伴们大家好！这里是每周一弘毅专栏，我志向用小小文字助力你的SCI发表之路。接上周话题，转录因子相关课题经常遇到的两个问题，一是已知靶基因寻找它上游的转录因子？二是已知转录因子寻找它可能的靶基因？前一个问题上周已经给大家做过演示，本周针对第二个问题给大家介绍Harmonizonme和hTFtarget数据库，跟着弘毅的脚步一起来看看吧~！

前情提要

1.转录因子相关名词

DBD(DNA binding domain)

TFBS(ranion factor binding site)

Target genes

2.转录因子结合位点预测

JASPAR

NCBI

UCSC数据库

Harmonizonme数据库

数据库概览

进入Harmonizonme主页(https://maayanlab.cloud/Harmonizome/)，点击About可见数据库简介，于2016年发布，目前收录来自66个在线数据库的114个基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学数据集，着重于定义基因和不同属性之间的关联，属性可以是基因、蛋白质、细胞系、组织、实验干预因素、疾病、表型或药物，并构建基因与基因和属性与属性的相似性网络。本文重点介绍转录因子和靶基因数据集。

功能及操作演示

转录因子靶基因预测，进入Harmonizonme主页，点击SEARCH进入检索界面，下拉菜单选择Database，检索框输入tranion factors targets，回车得到14条检索结果，前6个为转录因子靶基因数据库。

选择CHEA Tranion Factor Targets进入功能页面，首先是该数据库简介，包括数据来源和参考文献，页面下拉依次是不同数据集下载链接，以及该数据库