原标题:小白实战课堂!转录因子的候选靶基因查询~~
一文学会Harmonizonme和hTFtarget数据库使用方法
嗨,小伙伴们大家好!这里是每周一弘毅专栏,我志向用小小文字助力你的SCI发表之路。接上周话题,转录因子相关课题经常遇到的两个问题,一是已知靶基因寻找它上游的转录因子?二是已知转录因子寻找它可能的靶基因?前一个问题上周已经给大家做过演示,本周针对第二个问题给大家介绍Harmonizonme和hTFtarget数据库,跟着弘毅的脚步一起来看看吧~!
前情提要
1.转录因子相关名词
DBD(DNA binding domain)
TFBS(ranion factor binding site)
Target genes
2.转录因子结合位点预测
JASPAR
NCBI
UCSC数据库
Harmonizonme数据库
数据库概览
进入Harmonizonme主页(https://maayanlab.cloud/Harmonizome/),点击About可见数据库简介,于2016年发布,目前收录来自66个在线数据库的114个基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学数据集,着重于定义基因和不同属性之间的关联,属性可以是基因、蛋白质、细胞系、组织、实验干预因素、疾病、表型或药物,并构建基因与基因和属性与属性的相似性网络。本文重点介绍转录因子和靶基因数据集。
功能及操作演示
转录因子靶基因预测,进入Harmonizonme主页,点击SEARCH进入检索界面,下拉菜单选择Database,检索框输入tranion factors targets,回车得到14条检索结果,前6个为转录因子靶基因数据库。
选择CHEA Tranion Factor Targets进入功能页面,首先是该数据库简介,包括数据来源和参考文献,页面下拉依次是不同数据集下载链接,以及该数据库