获取可见条目_Harmonizonme和hTFtarget数据库：获取转录因子的候选靶基因

最新推荐文章于 2022-11-05 10:30:25 发布

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文章标签：获取可见条目

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_35676745/article/details/112607431

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本文介绍了如何利用Harmonizome和hTFtarget数据库来寻找转录因子的靶基因。通过实例展示了如何查询SOX2的靶基因，并通过Venn图分析不同数据库的交集，同时提供了数据筛选和分析的方法。

摘要由CSDN通过智能技术生成

一文学会Harmonizonme和hTFtarget数据库使用方法

嗨，小伙伴们大家好！这里是每周一弘毅专栏，我志向用小小文字助力你的SCI发表之路。接上周话题，转录因子相关课题经常遇到的两个问题，一是已知靶基因寻找它上游的转录因子？二是已知转录因子寻找它可能的靶基因？前一个问题上周已经给大家做过演示，本周针对第二个问题给大家介绍Harmonizonme和hTFtarget数据库，跟着弘毅的脚步一起来看看吧~！

前情提要

1.转录因子相关名词

DBD(DNA binding domain)

TFBS(ranscription factor binding site)

Target genes

2.转录因子结合位点预测

JASPAR NCBI UCSC数据库

Harmonizonme数据库

数据库概览

进入Harmonizonme主页(https://maayanlab.cloud/Harmonizome/)，点击About可见数据库简介，于2016年发布，目前收录来自66个在线数据库的114个基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学数据集，着重于定义基因和不同属性之间的关联，属性可以是基因、蛋白质、细胞系、组织、实验干预因素、疾病、表型或药物，并构建基因与基因和属性与属性的相似性网络。本文重点介绍转录因子和靶基因数据集。