dbCoRC是一个鉴定不同组织或细胞中核心转录因子（CRC）的数据库，通过超级增强子和转录因子motif分析构建CRC网络。文章发表在《Nucleic Acids Research》上，提供各样本CRC信息、转录因子调控网络、增强子区域及表达量数据。
欢迎关注”生信修炼手册”!
在人和小鼠中，已经识别到的转录因子有几百种之多。众所众知，转录因子的调控作用是具有细胞或者组织特异性的，在某种特定的组织或细胞中，发挥调控功能的只是一小部分转录因子。
科学家通过研究发现，即使是在特定的细胞或组织中，发挥作用的转录因子在调控网络中的地位也是不同的。其中有一部分转录因子被称之为核心转录因子，这部分转录因子不仅仅可以调节自身的靶基因，而且可以相互调节，从而构成一条交叉调节的回路，最典型的就是胚胎干细胞中，NANOG,SOX2,POU5F1/OCT4 这几种转录因子构成的调控回路。
将某种细胞或者组织中的核心转录因子及其调控回路称之为core transcription regulatory circuitry, 简称CRC。超级增强子SE区域内包含许多转录因子结合位点，有科学家发明了CRC Mapper这种算法，通过超级增强子关联的转录因子来识别细胞或组织中的CRC。
dbCoRC是一个核心启动因子数据库，通过超级增强子关联的转录因子来鉴定不同组织或者细胞中的CRC。以H3K27ac作为增强子的mark, 从GEO数据库中下载chip_seq原始数据，首先通过MACS软件识别增强子区，然后通过ROSE软件识别超级增强子。
识别到超级增强子之后，首先利用TRANSFAC/MEME数据库下载转录因子motif信息，通过FIMO软件进行motif scan分析，在超级增强子区域内寻找转录因子结结合位点。利用这种策略寻找超级增强子想关联的转录因子，在此基础上识别CRC, 完整的pipieline如下图所示
最低0.47元/天 解锁文章
1134
被折叠的 条评论
为什么被折叠?
到【灌水乐园】发言
