前段时间有位小可爱问我,为什么她的QQ图特别飘,如果你不理解怎样算飘,请看下图:
理想的QQ图应该是这样的:
我当时的第一反应是:1)群体分层造成的;2)表型分布有问题。因此让她检查一下数据的群体分层情况,如果没有问题就看一下表型分布。
这段时间有空了,我觉得有必要梳理一下这个飘逸的QQ图,到底是怎么回事儿以及如何确定这么飘逸的QQ图有没有问题。
1.产生飘逸的QQ图的原因
产生飘逸的qq图的原因有很多,比如我们喜闻乐见的:基因多效性(polygenicity)。也有可能是混淆偏倚,比如群体分层,假如样本中混合了欧洲、非洲、亚洲等各个地方的群体,本身各个群体的SNP频率差异就很大,如果不加以群体分层控制,关联分析的时候就会产生很多偏离预期值的SNP位点。
很久以前,出现飘逸的QQ图的话,我们可以搭配膨胀系数(膨胀系数的计算&#