全基因组关联分析（GWAS）:为何我的QQ图那么飘

前段时间有位小可爱问我，为什么她的QQ图特别飘，如果你不理解怎样算飘，请看下图：

理想的QQ图应该是这样的：

我当时的第一反应是：1）群体分层造成的；2）表型分布有问题。因此让她检查一下数据的群体分层情况，如果没有问题就看一下表型分布。

这段时间有空了，我觉得有必要梳理一下这个飘逸的QQ图，到底是怎么回事儿以及如何确定这么飘逸的QQ图有没有问题。

1.产生飘逸的QQ图的原因

产生飘逸的qq图的原因有很多，比如我们喜闻乐见的：基因多效性（polygenicity）。也有可能是混淆偏倚，比如群体分层，假如样本中混合了欧洲、非洲、亚洲等各个地方的群体，本身各个群体的SNP频率差异就很大，如果不加以群体分层控制，关联分析的时候就会产生很多偏离预期值的SNP位点。<