树莓派（Debian/Ubuntu）编译安装gromacs2016.5

1.前言

时常看到大家在追求更高的计算能力，计划着去买新的计算机，这里算是娱乐吧，尝试一下在树莓派上安装gromacs2016.5。同时本文也适用与64位的Debian/Ubuntu系统下gromacs的编译安装

在树莓派这样的四核arm A53 的硬件上安装显然不会有什么性能，但是可以测试一下集群的配置，不过目前为止我只有一部树莓派，终极目标是搭建一个三个节点的集群，目前还不确定是买三个树莓派还是三个orange pi或者三个nano pi 

2.准备

需要下载源码和测试包，可以命令行wget下载，也可以在win主机上迅雷下载，我是在win上迅雷下好了然后用SMB传输过去的

然后解压

tar xvzf gromacs-2016.5.tar.gz
tar xvzf regressiontests-2016.5.tar.gz

解压完成以后就是上图的文件目录了

然后需要安装一些包

sudo apt-get install cmake
sudo apt-get install build-essential
sudo apt-get install libfftw3-dev

分别是

编译配置工具cmake

Linux编译器全家桶build-essential，里面包含了gcc编译器和库函数和头文件，可以对C++，C，Fortran进行编译

开源快速傅里叶变换库libfftw3-dev

然后新建一个目录

mkdir build

cd build

3.cmake

cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=OFF -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF -DCMAKE_C_COMPILER=gcc -DREGRESSIONTEST_PATH=../regressiontests-2016.5 ../gromacs-2016.5

第一个参数 .. 表示输出文件目录是当前目录

第二个参数 -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=OFF 不编译傅里叶变换程序，使用系统已经安装的，也就是上一部安装的libfftw3-dev

第三个参数 -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=OFF 不下载测试样例

第四个参数 -DCMAKE_C_COMPILER=gcc C编译器指定为gcc

第五个参数 -DREGRESSIONTEST_PATH=../regressiontests-2016.5 说明测试样例的路径（毕竟前面指定不下载）

第五个参数 ../gromacs-2016.5 源码路径

你可以根据自己的文件目录情况做修改

然后经过一些检查，测试和配置以后，就会出现

重点在最后，提示配置成功，然后就可以继续进行了

4.make

make check -j4

使用四核编译，并检查（即regressiontest里面的测试）

你的测试时间可能与我有很大的不同，我的树莓派3b安装了pi64（非官方的64位系统），你的X86_64的电脑应该比我快很多。此处还展示以下官方系统的成绩

不过还不知道pi64相关软件和驱动的支持怎么样

5.install

sudo make install

这一步需要sudo，因为默认的安装路径是在/usr/local/gromacs，创建和写这个目录需要管理员权限，如果你在cmake的时候选择了其他的路径，比如说你为了同时安装不同的版本，将新的测试版在cmake的时候选择安装在自己的目录下面，那么这时候就不需要sudo。同时提醒，前面的cmake和make都是不需要sudo的。

6.使用

使用的时候需要先配置环境变量，

source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC

当然，这取决于你的安装路径，如果你是走我们上面的流程，cmake的命令与我们相同，那么如上的命令将为你配置环境变量，你也可以把如上命令追加到~/.bashrc的最后，这样每当你打开一个新的终端的时候，都会为你执行上述命令，配置到gromacs的环境变量。

7.测试

gmx pdb2gmx --version

然后你会看到一些编译信息的输出

本文的流程同样适用于ubuntu和debian的X86_64设备的gromacs单机版的编译安装，如果你有nvidia的GPU，并且已经装好了驱动和CUDA，那么不需要对cmake命令做任何修改，GMX能为你配置好GPU的使用。

希望本文能帮到你。

模拟快乐