Li‘s 核磁共振影像数据处理-18-Mrtrix3- 5ttgen脑组织类型分割

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5ttgen: five-tissue-type generation
Cortical grey matter
Sub-cortical grey matter
White matter
CSF
Pathological tissue
今日代码
5ttgen algorithm [ options ] …
algorithm: Select the algorithm to be used to complete the script operation; additional details and options become available once an algorithm is nominated. Options are: freesurfer, fsl, gif, hsvs
注意1，不同算法对输入影像序列有不同要求。例如，
5ttgen fsl input output [ options ]
input: The input T1-weighted image
output: The output 5TT image
其他算法的要求可在Mrtrix官方文档或terminal中输入“5ttgen 算法名称”进行查询。（演示）
https://mrtrix.readthedocs.io/en/latest/reference/commands/5ttgen.html
注意2，有些算法会默认进行大脑组织提取（BET），如果是已经提前进行过这样的预处理，需添加相应的参数。
注意3，程序默认会对输出影像进行修剪（crop）以减小体积，如不想修剪需添加-nocrop参数。
注意4，程序默认只保留一个最终结果文件，如想保留中间文件（包括每种组织独立文件）需添加参数-nocleanup。
例：5ttgen fsl structural.nii.gz 5ttgen.nii.gz -nocleanup