lammps教程：固定边界丢失原子的几种解决办法

我是小马老师，本文介绍固定边界丢失原子的几种解决办法。

在lammps摩擦、润湿、冲击等模拟中，z方向多设为固定的f边界，如何设置不合理，会出现丢失原子的情况。

1.原因分析

以切削模拟为例，边界条件设为ppf，在模拟的过程中，箭头处的原子有可能会移动到边界外面造成原子丢失。

2.解决方案
（1）强制忽略原子丢失

针对原子丢失问题，lammps提供了一个命令：

thermo_modify lost ignore flush yes

但是，这个命令仅用到丢失个别原子的情况。
根据经验，这个命令并不是很好用，基本难以解决问题。

（2）固定边界
把边界原子固定住也是一个常用的解决办法。

velocity boundary set 0 0 0
fix 01 boundary setforce 0 0 0

minimize命令也会造成原子的移动，所以，固定的命令一般要放到minimize之前，不然，在minimize阶段也可能会丢失原子。
这就存在一个问题，过早的固定边界可能会影响整个体系的弛豫。
因为固定层的限制，导致整个体系难以达到彻底的平衡状态。

（3）增加真空层
既然f边界处的原子在弛豫的过程中会移动，可增加一个真空层，给边界原子一个移动的空间。

change_box all z delta -10 10 units box

在z方向上下各加一个10埃米的真空层，在弛豫过程中，即使是不固定边界层，也不会丢失原子。

（4）增加反射墙
不增加真空层，也可以在z边界增加反射墙，当原子移动到边界处时，会被墙挡住，不会跑出边界。

fix zwalls all wall/reflect zlo EDGE zhi EDGE

反射墙也有缺点，如果z上下都加了反射墙，z方向的压力就难以释放，可能会影响z方向的弛豫。

以上是f边界条件下原子丢失的几种解决办法，没有一个方法是万能的，用哪个方法，还需要具体分析，不能盲目的套用。