【定量工具-featureCounts安装及使用】零基础看懂运行代码，报错大赏Q&A

接上文：STAR比hisat2更好；hisat2快一些得花几个小时

featureCount是subread软件包里的一个命令，所以安装subread即可。

官网（Subread download | SourceForge.net）下载subread-2.0.3-Linux-x86_64.tar.gz压缩文件

wget https://sourceforge.net/projects/subread/files/subread-2.0.6/subread-2.0.6-Linux-x86_64.tar.gz/download

tar -zxvf进行解压,进入bin/目录，目录下featureCounts就可直接运行

#找到featureCount位置：/home/data/t210451/miniconda3/pkgs/subread-2.0.6-Linux-x86_64/bin

#每次/临时添加环境变量：
export PATH=/home/data/t210451/miniconda3/pkgs/subread-2.0.6-Linux-x86_64/bin:$PATH

#下载注释文件gencode.v29.annotation.gtf.gz

#查看当前文件夹下所有bam文件
ls -lh /home/data/t210451/RNAseq/fhdata/fhclean/trim-galore/fastp/aligned/bam/*.bam
dirlist=$(ls -t /home/data/t210451/RNAseq/fhdata/fhclean/trim-galore/fastp/aligned/bam/*.bam |tr '\n' ' ')
echo $dirlist
featureCounts -a /home/data/t210451/RNAseq/fhdata/fhclean/aligned/bam/gencode.v29.annotation.gtf.gz -o /home/data/t210451/RNAseq/fhdata/fhclean/trim-galore/fastp/aligned/bam/6_final_counts.txt -g 'gene_name' -T 8  -p $dirlist

报错：Paired-end reads were detected in single-end read library——加-p

https://www.reddit.com/r/bioinformatics/comments/13m89bd/help_with_featurecounts_error_pairedend_reads/?rdt=47295#从featureCounts输出文件中获取counts与TPM矩阵 RNA-seq入门实战（三）：在R里面整理表达量counts矩阵-腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com)

####有个问题

cd /home/data/t210451/RNAseq/zzdata/zzclean/fastp/aligned/sambam
#进入生成的6_final_counts.txt.summary文件夹所在目录
multiqc 6_final_counts.txt.summary
#整合后看匹配的reads比例和数量

file:///D:/%E8%B0%B7%E6%AD%8C%E4%B8%8B%E8%BD%BD/multiqc_report.html

#不对劲，特别少

#发现featureCounts比对的GRCh38是human的！！！！gencode.v29.annotation.gtf.gz

### 重新下载注释文件并且重新比对（老鼠的应该是GRCm38=mm10）

#下载mouse的注释文件：GENCODE - Mouse Release M33

 #上传后重新比对，看multiqc结果

#增加了一些，但不多。。。。。哪里出问题了呢？之前，我的参考基因文件(我是在ncbi下载的)和注释文件（genecode网站）下载的？ 保姆级参考基因组及其注释下载方法（图文详解） - 知乎 (zhihu.com)

在同一个网站下载fasta

1、 读取counts.txt构建counts矩阵；

2、样品的重命名和分组；

3、counts与TPM转换；

4、基因ID转换；

5、初步过滤低表达基因与保存counts数据