gsea富集分析结果怎么看_多组数据富集分析结果可视化

富集分析神包clusterProfiler集成了很多富集分析工具，如GO，KEGG，DO，GSEA，DAVID等。并且对于每种富集分析方法的结果，Y叔也写出了配套的可视化软件包：《enrichplot: 让你们对clusterProfiler系列包无法自拔》。关于这一系列包，Y叔在github上写成了一本书：https://yulab-smu.github.io/clusterProfiler-book/chapter12.html。最近enrichplot包更新了emapplot()和cnetplot()对compareCluster()结果的支持，今天主要讲讲cnetplot的更新。

1、安装clusterProfiler，DOSE，enrichplot

目前此功能只在github上更新，因此从github上安装这几个包。如果从Bioconductor上安装旧版本的包，就可能遇到本教程的某些function无法运行。(2020年4月28号出新版Bioconductor，到时候就不需要github版了，尝鲜才需要用github版)

if(!requireNamespace("devtools", quietly = TRUE))
    install.packages("devtools")

devtools::install_github("YuLab-SMU/clusterProfiler")
devtools::install_github("YuLab-SMU/DOSE")
devtools::install_github("YuLab-SMU/enrichplot")

library(clusterProfiler)
library(DOSE)
library(enrichplot)

2、Gene-Concept Network

cnetplot函数可以将基因与它们所富集到的 biological concepts(如GO terms和KEGG pathways等)之间的复杂联系用网络图清晰的展现出来。

以下图片是对单个基因集