tcga数据下载_零代码下载TCGA数据库第二期：UCSC-XENA工具

各位科研芝士的朋友，大家好，今天我们继续分享关于TCGA数据下载的专题，第一节我们介绍了基于TCGA官网下载RNAseq数据。这次我们给大家推荐一个无编程的网页版工具，帮助我们轻松下载TCGA数据。今天，我们的主教就是UCSC-XENA工具。

或许你早已听过他的大名，或许你初入TCGA的江湖，初闻该名，不过一切都不算晚，今天我们就轻轻的点击鼠标，实现我们的数据下载梦。

1、UCSC-XENA网址

https://xena.ucsc.edu/

人家的界面长这样：

黄色框框是官网给的如何使用该网址的教程。

红色框框是我们需要点击进入的界面。

2、点击launch Xena，出现下面的界面，那数据藏在哪里了呢？

3、点击DATA Sets 进入数据存储站，出现下面的界面

可以看到在右侧的Active Data Hubs 包括了很多，不仅涵盖了TCGA还包括ICGA，Pan-Cancer Atlas Hub等数据节点。因为我们是研究TCGA，我们只需要选中TCGA就可以了。

4、选中TCGA，进入TCGA数据站，其包含的数据主要是下面38个

5、随便选择一个癌症，比如选择第一个AML，点击进去，出现下面的界面

我们发现该网站已经整理好了各类数据，包括CNV，DNA甲基化等，方便用户下载，大大方便了我们使用。接着我们找到RNAseq数据，如下，注意有两个点，一个是exon expression RNAseq，一个是gene expression RNAseq，我们选择gene expression RNAseq，点击带有*号的数据，进入。

6、点击之后，进入下面的界面：

点击红色框内的链接便可以进行数据下载了，下载之后的数据是一个压缩包，解压之后便可以使用了。

7、数据说明

大家可以看到，他的单位是log2（count+1），说明这个网站是对count数进行了这种方式的处理来归一化的，不是FPKM哦，这个地方需要和大家说一下哈。

Ok，今天的教程主要是带大家体验TCGA的第二种数据下载方式，下期我们继续推出TCGA的第三种方式下载，今天的数据下载先讲到这，下期再见。