shell 列表_Shell文本编辑之转录因子(TF)列表的获取

最新推荐文章于 2022-11-05 10:30:25 发布
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本文介绍如何通过Shell脚本获取特定物种的转录因子列表，并结合给定的基因列表求交集，以找出基因列表中的转录因子。内容包括下载人类和小鼠的TF列表，处理基因列表以及进行交集运算。
摘要由CSDN通过智能技术生成

问：我有一堆基因，如何查看里面哪些基因是TF呢？

答：先获取某一物种的全部转录因子列表，然后与基因列表取个交集就可以了，解决办法有很多，具体用什么看个人喜好。以下操作用用shell完成。

人类转录因子列表下载

# Human Biding Motifs(GRCh38.p13)wget -O human_TF.csv 'http://www.ensembl.org/biomart/martservice?query=<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?><Query  virtualSchemaName = "default" formatter = "CSV" header = "0" uniqueRows = "0" count = "" datasetConfigVersion = "0.6" ><Dataset name = "hsapiens_motif_feature" interface = "default" ><Attribute name = "chromosome_name" /><Attribute name = "chromosome_start" /><Attri
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