微生太 | 宏基因组分箱Binning(一)基础介绍与报告展示

本文首次发布于微信公众号:微生态

导读

只做宏基因组太单调?为什么不试试宏基因组Binning呢?一次测序,“宏基因组”+“Binning”两种分析,微生太帮您一站式处理宏基因组难题。现在,微生太免费向所有人分享Binning的整套分析流程,包含:生信分析代码和R语言绘图代码。我们一共设计了7个课时,每周一次,课表如下。


对Binning分析、R语言绘图感兴趣的朋友千万别错过。错过也没关系,每次课程不仅有回放,还有技术贴带您回顾课程内容。

下面我们一起来回顾第一节课的主体内容吧。

一、What:什么是Binning?

1.1 Binning释义

宏基因组分箱(Binning)是将宏基因组测序得到的混合了不同微生物的序列reads或序列组装得到的contigs或scaffolds按物种分开归类的过程。这些分开归类的序列被称为宏基因组组装基因组(metagenome-assembled genomes,MAGs)。

1.2 Binning图解


说明:
菌群核酸经DNA提取,建库&#x

  • 5
    点赞
  • 33
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
宏基因组binning是一种用于对宏基因组数据进行分类和鉴定的方法。宏基因组数据是指从环境样品中获取的多个未知微生物基因组片段。这些基因组片段在后续的分析中通常需要被分类和归类,以获得有关微生物群落的更多信息。 宏基因组binning主要依赖于DNA序列的相似性,并通过比对和聚类的方式来组装和分类基因组片段。首先,它会使用组装算法将原始DNA序列拼接成长长度的连续序列,这被称为contig。然后,根据这些contig之间的相似性,将它们归类为不同的bins,每个bin代表一个可能的微生物基因组。常用的聚类方法包括k-means聚类和基于相似性网络的聚类。 在binning过程中,还会使用一些附加的信息来辅助分类,比如基于GC含量、覆盖度、共线性等特征进行筛选和分类。这些特征有助于识别和归类那些相似度较高的基因组,并进一步提高准确性。 宏基因组binning在环境微生物组学研究中扮演着重要的角色。它能够帮助我们了解到环境中存在的微生物多样性,发现新的微生物种类,并进一步研究它们在生态系统功能中的作用。此外,宏基因组binning还可以用于分析寄生菌、病原体等微生物组的基因组,并为其后续处理和研究提供数据支持。 总而言之,宏基因组binning是一种用于对宏基因组数据进行分类和鉴定的方法,通过比对和聚类等步骤对基因组片段进行组装和归类,为环境微生物组学研究提供了重要的工具。

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值