使用gsds绘制基因结构图_云平台在线circos绘图基因组类型 | OmicStudio重磅云工具...

为了满足科研同伴绘制基因组类型circos图的需求，联川生物近期推出了circos云工具，功能强大，操作简单，接下来将以下图为例，教大家如何使用circos云工具绘制一张高颜值circos图。

文中图片绘制所用的示例数据，可以在文末找到下载地址。

01 打开云工具

首先打开联川生物云平台circos云工具：

https://www.omicstudio.cn/tool/50

选择circos绘图-基因组类型。

02 绘制基因组框架

选择不使用示例数据，上传基因组表格(示例数据：genome_info.xlsx)，点击开始绘图

可以选择给染色图标记颜色，或在框架上标记基因。

03 绘制和弦图(可选)

选择绘制和弦图，上传和弦图表格(示例数据：circos_link.xlsx)，点击开始绘图

可以修改配色方案。

04 绘制环形图(可选)

选择绘制环形图，设置需要绘制的环个数，逐圈选择每个环的绘图类型并上传相应表格，点击开始绘图。

上图的具体参数如下：
圈圈个数：6

第1圈(绘图类型：热图 ；上传文件：heatmap.xlsx)

第2圈(绘图类型：点状+高度 ；上传文件：point_h.xlsx)

第3圈(绘图类型：柱形+高度 ；上传文件：barplot.xlsx)

第4圈(绘图类型：区域+高度 ；上传文件：region_h.xlsx)

第5圈(绘图类型：线条+位置 ；上传文件：line_pos.xlsx)

第6圈(绘图类型：区域+深浅 ；上传文件：region_c.xlsx)

05 组合绘图

同时勾选绘制环形图和和弦图，并适当调整配色方案。

06 图片下载

点击右上角下载图标，点击图片下载即可完成图片的下载

参考文献

Zuguang Gu, Lei Gu, Roland Eils, Matthias Schlesner, Benedikt Brors, circlize Implements and enhances circular visualization in R. Bioinformatics (Oxford, England) 2014. 

• 示例数据下载地址

链接：

https://pan.baidu.com/s/1ipxSX1macChJ9JKL4EYtqw

提取码：q12x

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