如何用r语言搜集报表_基迪奥免费小课堂——如何用R语言绘制GSEA plot

常见的基因功能富集分析方法可以认为分两代。

(1)第一代:基于目标基因集预筛选的功能富集分析方法

基本步骤包括两步：

(a)从背景基因集合，按照一定固定阈值(例如，是否差异显著)筛选目标基因集。这属于一个二分类的策略，例如将基因分为差异表达与无差异表达的。

(b)通过一些统计方法(例如，超几何检验)证明目标基因集(例如差异表达基因)的基因更多集中在某些通路中。

第一代富集分析方法，简单易懂，所以我们常见的结题报告基本上都使用这类方法。但第一代富集分析方法最大的不足就是：筛选目标基因集的标准(例如差异分析中的差异倍数大于2 & FDR <0.05)会直接影响富集分析的结果，尤其当差异基因很少的时候，可能无法富集到任何通路。

(2)第二代:基于所有基因评分或排序的功能富集分析方法

第二代功能富集分析方法则可以很好弥补第一代方法的不足，最有代表性的方法就是GSEA(Gene Set Enrichment Analysis)的方法。以GSEA为例，分析也可以分为两步：

(a)利用某个指标(例如差异倍数)对所有基因进行排序(而不是用固定阈值筛选)。

(b)判断某个通路的基因在所有的排序中是否更为靠前(或靠后)，来证明实验处理会该通路产生更显著的影响。

GSEA法因为不需要对数据进行预筛选，所以很好地解决了一代方法的不足，对通路富集的检测能力更加敏感(PS：在基迪奥最新版本的转录组结题报告中也加入了GSEA富集分析的内容)。

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