go分析和kegg分析_不是我吹,没有艺术细胞的手残党也能搞定KEGG富集分析

本文提供了一篇关于如何使用DAVID进行GO富集分析和利用Cytoscape绘制KEGG气泡图的教程。通过复现论文中的步骤,适合寻找课题方案和研究思路的初学者,详细介绍了从获取KEGG富集结果到绘制图表的全过程。
摘要由CSDN通过智能技术生成

你还在为找不到课题方案而焦虑吗,复现一篇论文吧!

你还在为找不到研究思路而苦恼吗,复现一篇论文吧!

你还在为找不到数据方法而悔恨吗,复现一篇论文吧!


刚来的小伙伴不要慌了哈,小助理选的一直是同一篇论文

只不过用的是不同的数据复现差异表达

一千种方法练一次

不如一种方法练一千次

进步的第一步就是敲下文章里面的代码

以下就是复现过程,跟着文章走,他山之石可以攻玉,没准儿一不小心你就会了呢?

预计阅读时间3分钟

论文:

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文章目录

  • DAVID官网

获得KEGG富集分析结果

气泡图

cytoscape软件绘制代谢通路网络图

准备输入文件

network data

table data

输入network文件

输入table文件

设置风格、颜色

手动调整、保存图片

D

go富集分析kegg富集分析是生物信息学中常用的两种功能注释方法,用于解释大规模基因表达数据中的生物学意义和功能。这些分析通常用于分析基因列表中富集的功能类别或代谢通路。 在go富集分析中,通常使用Gene Ontology(GO)数据库来标注基因的功能、细胞组分和生物过程。分析过程包括将基因列表与注释数据库中的功能类别进行比较,并计算富集程度。富集程度由P值来衡量,P值越小表示富集程度越高,代表该功能类别在基因列表中出现的概率较小。 解读go富集分析结果时,需要关注具有显著富集的功能类别,这些功能类别指示了基因列表中的生物学过程和功能。此外,还需要考虑功能类别的层级关系,例如,富集于更高级别的功能类别可能表示更广泛的生物学过程。结合基因列表的背景信息和研究问题的特点,进一步挖掘和解释功能类别的生物学意义。 对于kegg富集分析,是基于KEGG(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)数据库中的代谢通路信息进行注释和富集分析富集程度也是通过计算P值来量化,P值越小表示富集程度越高,代表该代谢通路在基因列表中出现的概率较小。 解读kegg富集分析结果时,可关注具有显著富集的代谢通路,这些通路是基因列表中可能参与的生物化学反应网络。进一步分析这些富集的代谢通路可以帮助理解基因表达数据中的代谢变化和生物过程的调控机制。 综上所述,go和kegg富集分析结果的解读需要结合P值和功能/通路的生物学意义,通过综合分析得出准确的结论。这两种方法在生物信息学研究中具有重要的应用价值,可以帮助揭示基因表达数据中的生物学过程、功能和代谢调控机制。
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