富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO

前言

一般我们挑出一堆感兴趣的基因想临时看看它们的功能，需要做个富集分析。虽然公司买了最新版的数据库，如KEGG，但在集群跑下来嫌麻烦。这时网页在线或者本地化工具派上用场了。

DAVID

DAVID地址
以前我会首选DAVID，原因是方便简单。有人说它数据库更新慢，不准确（据说被science点名批评了），也有人说它运行慢，数据库更新慢是硬伤，但我只是大概看下基因集的功能，总体结果不会差到哪里去。至于运行速度我反而觉得比其他工具更快。
使用方法：


注释结果有很多，挑自己感兴趣的数据库，我一般看GO和KEGG。

校正下超几何检验的Pvalue值，查看结果，结果都有链接，很方便查看。

但是DAVID没有可视化结果，临时看一看还行。

Metascape

Meatascape地址
Metascape是Cytoscape的一个插件，其数据更新快，覆盖面广泛。整合了GO、KEGG、UniProt和DrugBank等多个权威的数据库，使其不仅能完成通路富集和生物过程注释，还能做基因相关的蛋白质网络分析和涉及到的药物分析。

默认分析Express Analysis

针对小白，直接生成一个简单明了的报告，图文并茂，结果包括富集总括、基因列表、基因注释、富集分析、蛋白互作富集等。并且可以下载excel表，ppt和zip压缩文件。

网络图还可保存为CYS格式，后续放到cytoscape中进行编辑。

定制分析CustomAnalysis
Annotation可以根据自己的需要，选择感兴趣的，想在结果中体现的基因注释查看与基因注释 相关的文章")项目来进行勾选。勾选完成之后，点击左上角的Apply按钮运行。

Membership支持用户自行选择通路富集、生物过程富集、功能相关和产物分析等每一个注释步骤所用到的数据集，并可以在搜索框中输入感兴趣的字段，比如GO中的某一个或某几个term，或者一些功能性的描述，以便进行更有针对性地分析。
输入完成感兴趣的字段之后，点击左侧的Search按钮进行查找，之后点击左上方Apply生成这一步骤的结果。

Enrichment支持用户选择通路和功能富集过程中的各项指标，以及蛋白质互作网络形成过程中的各项指标。用户可以根据自己的需求，来设定显著性阈值，网络中包含元素的最大或最小值，以及分析步骤中想用到的数据集等参数。

生成报告

报告形式同上。

Enrichr

Enrichr地址
除了支持gene list，还支持bed文件，但支持的gene ID种类比较少。

Enrichr结果将多个数据库进行比较。除了常用的富集分析，还可展示表观修饰、转录因子结合以及疾病和不同细胞类型中的表达。

但是它展示结果比较单一，各个数据库结果差异也较大，个人不是很喜欢。

ClueGO

ClueGO也是Cytoscape的插件，在cytoscape中本地化安装使用，除了做功能富集外，主要是具有强大的绘图功能，目前被很多文章引用。

以上工具中，DAVID和Metascape甚至clusterProfiler等R包的结果我都只作为参考，真正做分析的时候还是需要用最新的数据库。当然，Metascape和ClueGO可作为后期绘图补充。

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