clustalw序列比对_「实用教程」- 使用PyMOL的Align进行蛋白结构叠合比对

最新推荐文章于 2024-01-26 11:03:40 发布
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版权

Align

align首先执行序列比对，然后进行结构叠加，进行多次迭代以便进行微调，在蛋白序列相似性大于30%的时候可以达到良好的效果。

用途

Align常常在结构生物学以及虚拟筛选中使用，当对不同的蛋白结构并对其进行比较时，我们就可以使用align比较蛋白结构，查看两者之间的差异，这个结构上的差异有一个量化的指标就是RMSD。它的概念和计算方式，都会在下面列出。目前，pymo是一个很流行的三维蛋白结构显示工具。本次的目的是，使用pymol对蛋白结构进行align，结果可以通过肉眼观测或者RMSD进行量化。

d6ec240143265452bf91bc6e0e2a949e.png

用法

align mobile, target [, cutoff [, cycles [, gap [, extend [, max_gap [, object [, matrix [, mobile_state [, target_state [, quiet [, max_skip [, transform [, reset ]]]]]]]]]]]]]

解释：

mobile =字符串：需要移动的对象名 target =字符串：目标的对象名 cutoff = 浮点数：截断值，默认2.0 cycles =整数：最大循环数，默认5 gap, extend,

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clustalw多序列比对
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ClustalW是一种常用的多序列比对工具，用于将多个DNA、RNA或蛋白质序列进行比对分析。该工具旨在通过识别序列中的相同和不同之处，帮助研究人员理解这些序列的功能和演化关系。 ClustalW的工作原理是基于多序列比对的几种常见方法，如横向比对和对角线比对。首先，ClustalW会根据序列中的保守区域自动生成一个对齐模板，然后使用模板将其他序列与之比对。接下来，它会计算每个序列与模板之间的分值，并利用这些分值调整序列的位置，以使得相似的序列能够更好地对齐。 ClustalW还会生成一个树状图，用于显示序列之间的进化关系。这个树状图可以帮助研究人员确定序列的进化历程以及它们之间的亲缘关系。此外，ClustalW还提供了一些可定制的参数选项，例如比对的最大长度、比对的方法、以及权重矩阵的选择等，以满足不同实验需求。 ClustalW的应用非常广泛。在生物信息学中，它常被用于研究DNA、RNA或蛋白质序列之间的一致性和变异性，以及进化关系的推断。另外，它也可以用于分析新序列与已知序列的相似性，从而寻找可能的功能或结构域。 总之，ClustalW是一个功能强大且易于使用的多序列比对工具。它可以帮助研究人员深入了解序列间的关系，并为进一步的分析提供基础。

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