三个或多个蛋白质结构的比对

之前一般只做了两个蛋白质结构的比对,打开pymol,先后导入两个蛋白质的pdb文件,然后align即可。如下图所示:
在这里插入图片描述当遇到需要再加一个蛋白质结构的比对时,我的第一反应也是利用pymol的align功能,但是发现与第三个加进来的结构比对时,另外一个就出去了,自己不知道如何将三个结构通过pymol叠加比对在一起。

下面就介绍通过coot软件的方法针对多个结构比对的步骤:
首先需要去coot官网link下载对应电脑系统的软件版本。我自己下载的windows版本,即WinCoot。然后安装完成,双击图标打开:
在这里插入图片描述在这里插入图片描述下面介绍比对原理:
以三个蛋白结构为例,先导入一个蛋白结构坐标作为固定结构,然后导入第二个蛋白结构,作为移动坐标,Calculate —>SSM superpose后,File -->save coordinates保存移动坐标对应的pdb文件,再导入第三个需要比对的结构,同样方法进行superpose后保存对应的移动坐标的pdb文件。即B与A比对后,保存B,导入C再与A比对。
在这里插入图片描述在这里插入图片描述现在就有了三个pdb文件,一个是原有的作为固定的pdb蛋白结构,另外两个是经过移动比对后保存的对应坐标的pdb文件。最后将这三个pdb文件导入pymol软件中可视化显示作图即可。

由于作图美观的需要,这里顺便提一下通过命令如何修改helix的厚度和宽度:
pymol > set cartoon_oval_width, 0.2
pymol > set cartoon_oval_length,0.8

ray
save *.png

PyMOL中展示同一个蛋白的不同构象并直观地展示出两种构象的差异,可以通过以下步骤实现: 1. **加载蛋白结构**: 首先,将两种构象的蛋白结构文件(如PDB文件)加载到PyMOL中。 ```python load structure1.pdb, conformation1 load structure2.pdb, conformation2 ``` 2. **对齐结构**: 为了直观地展示差异,需要将两种构象进行对齐。可以使用PyMOL的内置命令`align``super`进行结构对齐。 ```python align conformation1, conformation2 ``` 3. **颜色区分**: 为了区分两种构象,可以为它们分配不同的颜色。 ```python color blue, conformation1 color red, conformation2 ``` 4. **展示差异**: 可以通过以下几种方式直观地展示两种构象的差异: - **差值图**:计算两种构象的差值图并进行可视化。 ```python cmd.alter('all', 'b=0') cmd.alter('conformation1', 'b=1') cmd.alter('conformation2', 'b=2') spectrum ``` - **动画**:制作两种构象之间的动画,观察变化过程。 ```python mset 1x60 mdo 1: orient mdo 30: orient mdo 60: orient mplay ``` - **透明度调整**:调整两种构象的透明度,观察重叠部分。 ```python set transparency, 0.5, conformation1 set transparency, 0.5, conformation2 ``` 5. **保存结果**: 最后,可以将结果保存为图片动画文件。 ```python png difference.png mpng animation.png ``` 通过这些步骤,你可以在PyMOL中直观地展示同一个蛋白的不同构象及其差异。
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