UCSF Chimera和ChimeraX的安装及使用

已于 2024-02-23 16:59:52 修改
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分类专栏： UCSF DOCK系列 文章标签： 开源软件 分子结构可视化 药物设计 linux chimera chimeraX
于 2024-02-21 12:23:17 首次发布
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前言

本文是关于UCSF Chimera和ChimeraX的介绍以及安装。

一、UCSF Chimera和ChimeraX是什么？

UCSF ChimeraX是Chimera的加强版本，均可以免费下载使用，均可用于多种平台，包括Windows、MacOS X和Linux。

介绍分别如下：

1. UCSF Chimera

UCSF Chimera是一种用于可视化和分析生物分子结构的计算机程序。它是由加州大学旧金山分校的计算机图形实验室开发的，旨在帮助研究人员更好地理解生物分子的结构和功能。
UCSF Chimera可以用于显示和操纵蛋白质、核酸和其他生物分子的三维结构。它可以从各种来源获取分子结构数据，包括从实验室得到的数据、计算模型和公开可用的数据库。
UCSF Chimera具有强大的可视化功能，可以生成高质量的图像和动画，以展示分子的结构和动态变化。它还提供了一系列工具和功能，用于分析和比较不同分子的结构、计算物理属性以及进行分子对接和模拟等操作。
除了基本的可视化和分析功能，UCSF Chimera还支持各种插件和扩展，可以根据用户的需求进行定制和扩展功能。它在生物结构研究、药物发现、生物工程等领域得到了广泛的应用。

2. UCSF ChimeraX

UCSF ChimeraX是一种分子可视化软件，用于在生物科学研究中探索大型分子结构的三维结构和功能。
ChimeraX是UCSF Chimera的继任者，它在之前版本的基础上进行了重写和重新设计，提供了更强大的功能和更直观的用户界面。ChimeraX的主要目标是处理大型分子结构的可视化和分析，尤其是那些在实验中难以观察或理解的复杂结构。
ChimeraX支持多种常见的分子文件格式，包括PDB、MRC、EMDB等。它可以加载和显示分子结构，并提供各种工具和功能来操纵和分析这些结构。用户可以通过旋转、平移和缩放来查看和操纵结构，也可以使用剖面图、表面网格、轮廓和草图等可视化效果来呈现结构的不同方面。此外，ChimeraX还提供了一系列的分析工具，如结构比对、密度图显示、电荷计算和互动式模型构建等。
ChimeraX还支持脚本编程，允许用户通过编写Python脚本来自动化任务和批量处理数据。这使得ChimeraX在高通量计算和大规模数据分析中特别有用。

二、使用步骤

1. 下载安装UCSF Chimera

Chimera下载页面：
在这里插入图片描述对于Linux系统:

wget http://www.cgl.ucsf.edu/chimera/cgi-bin/secure/chimera-get.py?file=linux_x86_64/chimera-1.17.3-linux_x86_64.bin

Chimera安装：

chmod a+x ./chimera-1.17.3-linux_x86_64.bin
sudo ./chimera-1.17.3-linux_x86_64.bin

Chimera默认安装位置：/opt/UCSF/Chimera64-1.17.3，打开Chimera的方法：在终端输入以下

chimera

Chimera界面

2. 下载安装UCSF ChimeraX

ChimeraX下载页面：

在这里插入图片描述
对于Linux Ubuntu22.04：
NOTE： 不适用于Windows Subsystem for Linux (WSL)

wget https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/cgi-bin/secure/chimerax-get.py?file=1.7/ubuntu-22.04/ucsf-chimerax_1.7.1ubuntu22.04_amd64.deb
sudo apt install ./ucsf-chimerax_1.7.1ubuntu22.04_amd64.deb

对于Linux Red Hat/CentOS 9：

wget https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/cgi-bin/secure/chimerax-get.py?file=1.7/centos-9/ucsf-chimerax-1.7.1-1.el9.x86_64.rpm
sudo dnf install ~/Downloads/ucsf-chimerax-1.7.1-1.el9.x86_64.rpm
# 如果找不到lib-OSMesa package，增加以下设置
sudo dnf config-manager --set-enabled crb

ChimeraX默认安装位置/usr/bin/chimerax，打开ChimeraX的方法：在终端输入以下

chimerax

ChimeraX界面

总结

以上就是UCSF Chimera和ChimeraX的安装。两款软件界面设置清晰明了，易于使用。
Chimera可以用来为UCSF-DOCK处理受体的输入文件，读者可参考其他相关博文以及软件介绍文档。

参考资料

  1. http://rbvi.ucsf.edu/chimera/docindex.html
  2. https://www.rbvi.ucsf.edu/chimerax/docs/index.html

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