实验记录 | 6/6 安装R并安装指定的R包

官方网站：https://cran.r-project.org/
有一点比较棘手的地方是：我的系统是ubuntu系统，而服务器的系统是centOS,所以，可能出现的情况就是在我这里编译成功的R，移动到服务器上，会不再适用。
另外，我不太知道如果是centOS,应该选择下方的什么版本（这个命名我有点看不懂）？

[DIR] debian/ 2021-05-21 10:55 -
[DIR] fedora/ 2020-10-06 11:49 -
[DIR] redhat/ 2020-10-06 11:49 -
[DIR] suse/ 2012-02-16 15:09 -
[DIR] ubuntu/ 2021-05-27 17:21 -

centOS起源于redhat，所以如果要挑选的话，可以选择这个。
不过我突然想起来，实验室的服务器上，也有R，只不过这个R的版本未知，是否能够安装statmod这个包也未知。所以，我现在干嘛呢？
有两条思路：
（1）去实验室中，检查R的版本号（要求：大于3.6.0）。尝试安装statmod这个包，如果缺依赖的库的话，再想办法。
（2）现在，在这里尝试安装平台不依赖的R环境，到时候挪到系统上可以直接适用。

参考链接1（在centos下安装R）：
https://blog.csdn.net/qq_28652401/article/details/106014883?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7EBlogCommendFromMachineLearnPai2%7Edefault-9.control&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-2%7Edefault%7EBlogCommendFromMachineLearnPai2%7Edefault-9.control

还是喜欢下载源文件（不依赖于平台）。
镜像官网链接：https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/cran/
我选择的是：Source Code for all Platforms，官网对于它的介绍是：

The sources have to be compiled before you can use them.

由于最新的4版本的，可能会平台不适用。于是，我选择比较保险一点的3系列：
https://mirrors.sjtug.sjtu.edu.cn/cran/src/base/R-3/
下载完成之后，解压，编译。
tar -xzvf R-3.6.3.tar.gz
cd R-3.6.3/
./configure
毫无疑问，编译的时候出现了问题：

configure: error: --with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available

按照网上的方法，需要安装一个库文件的依赖。
参考链接：https://blog.csdn.net/tommy_12345/article/details/81067605

apt-get install libXt-devel.aarch64
但是，如果非root用户，安装库依赖，会提示权限不够。
apt-get install libxt-dev
E: Could not open lock file /var/lib/dpkg/lock-frontend - open (13: Permission denied)
E: Unable to acquire the dpkg frontend lock (/var/lib/dpkg/lock-frontend), are you root?
所以，只能适用root权限。
sudo apt-get install libxt-dev
好像没啥用。
最后参考：https://blog.csdn.net/ustczyy/article/details/14448445
./configure --with-readline=no --with-x=no
暂时，编译没有报错。
之后就是make，这个过程也进展的比较顺利。
进入到中。
运行library(statmod)，安装成功。

• installing source package ‘statmod’ …
  ** package ‘statmod’ successfully unpacked and MD5 sums checked
  ** using staged installation
  ** libs
  /home/zxx/miniconda3/bin/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-gfortran -fno-optimize-sibling-calls -fpic -fopenmp -march=nocona -mtune=haswell -ftree-vectorize -fPIC -fstack-protector-strong -fno-plt -O2 -ffunction-sections -pipe -isystem /home/zxx/miniconda3/include -c gaussq2.f -o gaussq2.o
  /home/zxx/miniconda3/bin/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc -I"/media/zxx/TOSHIBA/software/Rpackage/R-3.6.3/include" -DNDEBUG -DNDEBUG -D_FORTIFY_SOURCE=2 -O2 -isystem /home/zxx/miniconda3/include -fpic -march=nocona -mtune=haswell -ftree-vectorize -fPIC -fstack-protector-strong -fno-plt -O2 -ffunction-sections -pipe -isystem /home/zxx/miniconda3/include -c init.c -o init.o
  /home/zxx/miniconda3/bin/x86_64-conda_cos6-linux-gnu-cc -shared -Wl,-O2 -Wl,–sort-common -Wl,–as-needed -Wl,-z,relro -Wl,-z,now -Wl,–disable-new-dtags -Wl,–gc-sections -Wl,-rpath,/home/zxx/miniconda3/lib -Wl,-rpath-link,/home/zxx/miniconda3/lib -L/home/zxx/miniconda3/lib -o statmod.so gaussq2.o init.o -lgfortran -lm -lgomp -lquadmath -lpthread
  installing to /media/zxx/TOSHIBA/software/Rpackage/R-3.6.3/library/00LOCK-statmod/00new/statmod/libs
  ** R
  ** data
  ** inst
  ** byte-compile and prepare package for lazy loading
  ** help
  *** installing help indices
  ** building package indices
  ** testing if installed package can be loaded from temporary location
  ** checking absolute paths in shared objects and dynamic libraries
  ** testing if installed package can be loaded from final location
  ** testing if installed package keeps a record of temporary installation path

• DONE (statmod)

The downloaded source packages are in
‘/tmp/RtmpFlaHwu/downloaded_packages’
Updating HTML index of packages in ‘.Library’
Making ‘packages.html’ … done

library(“statmod”)

所以，我想明天，同样的流程，放到服务器上，看看是否顺利。我突然想到，我的这个问题解决的思路，有点像体外受精，然后再移植到母体中来孵化。
就是不知道，这种移植是否能够成功。

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而且这里，比较有意思的地方还在于，这个包在编译的过程中调用的是miniconda的bin文件中的内容。而我们在服务器上运行的时候，明明在服务器中存在这个库文件，但是却显示缺少。为什么呢？（这也是我一直比较困惑的，上次卡住的地方）

我觉得最本质的原因，可能是将conda的bin添加到了home路径下，所以可以直接调用。
那我想要弄明白，上次学长说的那个LD_LIBRARY_PATH是什么意思？
参考链接：https://www.cnblogs.com/trying/archive/2013/06/07/3123577.html
https://blog.csdn.net/KLKFL/article/details/101183241
我的理解就是，这个指令设置程序临时的对于库的查找途径，优先在哪里寻找。如果自己设定的路径中，有的话，则不必去动用/home/路径，这是一个不错的思路，我可以明天来试试看。