PPI网络比对文章汇总

最新推荐文章于 2023-07-01 11:43:44 发布
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分类专栏： 复杂网络 文章标签： 复杂网络 网络比对 Embeding 启发式算法 网络拓扑
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_40663313/article/details/120535959
版权
这篇博客总结了多个蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络比对的方法，包括HubAlign、GRALL、NETAL、GPPIAL、SAlign等，涉及拓扑计算、嵌入式方法和启发式算法。文章探讨了各种算法的优缺点，如HubAlign的拓扑效果好但生物指标不佳，SANA的模拟退火算法简单实用。同时，还提到了多网络比对的BEAMS和protein2vec等方法，并列出了相关论文链接和部分代码资源。
摘要由CSDN通过智能技术生成

​

一、已读文章

两个网络的：

HubAlign：采用重要性节点“Importence”，根据hub节点和瓶颈节点，采用最小度启发式算法进行比对。拓扑较好，生物指标较差。（BioInforMatics）2014

论文链接：HubAlign: an accurate and efficient method for global alignment of protein–protein interaction networks | Bioinformatics | Oxford Academic

代码：http://ttic.uchicago.edu/~hashemifar/software/HubAlign.zip

注：代码已经成功调试

GRALL：使用graphlet进行拓扑计算，之后有一系列衍生算法，目前有一篇文章将embeding与graphlet在网络比对效果进行比较，graphlet率占优势。（Interface）2010

论文链接：Topological network alignment uncovers biological function and phylogeny.-论文-万方医学网

代码：有L-GRALL MI-GRALL

注：没跑代码

NETAL：得分矩阵＋贪心 得分矩阵=相似性得分矩阵+交互得分矩阵。相似性得分矩阵=拓扑+序列。

交互得分矩阵=保守边数量期望。（BioInformatics）2013

论文链接：NETAL: a new graph-based method for global alignment of protein-protein interaction networks - PubMed

代码：http://www.bioinf.cs.ipm.ir/software/netal

注：未跑</

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对蛋白质对比网络的算法论文资料的整理。
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05-29
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