PPI蛋白互作网络构建详细步骤

PPI蛋白互作网络构建详细步骤

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string数据库是目前数据量最丰富、应用最广泛的研究蛋白质相互作用的数据库之一，收录了超过14000个物种、6千多万种蛋白、200多亿个相互作用的信息。这些蛋白质相互作用既包括直接的物理作用，也包括间接的功能相关性。

1. 进入官网（https://string-db.org）之后，点击search，点击之后的界面如下图所示：

左侧为选项，有根据单个蛋白名字、单个蛋白序列、多个蛋白名字、多个蛋白序列来构建，这里我们以单个蛋白名字为例进行演示

2. 点击Protein by name，然后输入蛋白名字，这里输入ROCK1，生物类别选择自动检测（auto-detect），当然如果你确定你的研究生物是小鼠或者人类你可以选择小鼠或人类。

3. 设置好之后点击search按钮，即可得到下面的界面。在organism那一列自动检测出一些类别，选择自己需要的研究的生物类别，然后点击continue按钮

4. 点击continue按钮可得到如下界面

5. 在Export选项下可导出网络图还有具体的蛋白信息。

6. 这里我们导出蛋白互作信息表格，表格名为string_interactions.tsv，然后新建R语言脚本来统计与我们目标蛋白ROCK1互作的蛋白名称和数目，脚本代码如下：

setwd("C:\\Users\\Administrator\\Desktop\\cptac\\9_蛋白质组相互作用")                   #设置工作目录
inputFile="string_interactions.tsv"                                 #输入文件名字
rt=read.table(inputFile, header=T, sep="\t", comment.char = "", check.names =FALSE)    #读取输入文件
tb=table(c(as.vector(rt[,1]),as.vector(rt[,2])))                    #计算每个基因邻接节点数目
tb=sort(tb,decreasing =T)                                           #根据邻接节点数目对基因排序
write.table(tb,file="count.xls",sep="\t",quote=F,col.names=F)       #输出基因邻接节点数目

#绘制柱状图
geneNum=ifelse(length(tb)>30,30,length(tb))
n=as.matrix(tb)[1:geneNum,]
pdf(file="barplot.pdf",width = 6,height = 5)
par(mar=c(2.5,7,1,2),xpd=T)
bar=barplot(n,horiz=TRUE,col="skyblue",names=FALSE,xlim=c(0,50))
text(x=n-1,y=bar,n)
text(x=-0.8,y=bar,label=names(n),xpd=T,pos=2)
dev.off()

(在代码里面，我们用if语句让柱状图只显示表格前30行蛋白，因此画出的柱状图只有30行，如有需要可自己设置)

7. 打开R软件，运行上述代码即可得到统计的柱状图和统计表格，最终得到的柱状图和表格如下图所示：


至此，蛋白互作网络图及信息统计结束。