TCGA / 癌症简称 / 缩写 / TCGA癌症中英文对照

这期我们了解一下 TCGA 数据的癌种，以及简称，如何快速准确的定位到指定的数据！

01****数据库选择

我们如果想看数据信息，可以考虑 UCSC Xena (xenabrowser.net) ，在 hub 上可以看到各种类型的数据库，这里我们选择 TCGA Hub, 如下：

进入页面后，我们发现 TCGA 数据库上对应的癌种的全称以及缩写，如下：

02 TCGA的癌症名称，简写和中文名称

我们看到 TCGA 数据上 38 Cohorts, 715 Datasets，那么我这里给出 35 种癌种对应的中英文名称以及缩写，方便大家检索，以后对着列表找癌种即可，表格如下：

癌种	缩写	中文名称
Adrenocortical Cancer	ACC	肾上腺皮质癌
Bladder Cancer	BLCA	膀胱尿路上皮癌
Breast Cancer	BRCA	乳腺浸润癌
Cervical Cancer	CESC	宫颈鳞癌和腺癌
Bile Duct Cancer	CHOL	胆管癌
Colon Cancer	COAD	结肠癌
Colon and Rectal Cancer	COADREAD	结直肠癌
Large B-cell Lymphoma	DLBC	弥漫性大B细胞淋巴瘤
Esophageal Cancer	ESCA	食管癌
FFPE Pilot Phase II	FPPP	FFPE试点二期
Glioblastoma	GBM	多形成性胶质细胞瘤
lower grade glioma and glioblastoma	GBMLGG	胶质细胞瘤
Head and Neck Cancer	HNSC	头颈癌
Kidney Chromophobe	KICH	肾嫌色细胞癌
Kidney Clear Cell Carcinoma	KIRC	肾透明细胞癌
Kidney Papillary Cell Carcinoma	KIRP	肾乳头状细胞癌
Acute Myeloid Leukemia	LAML	急性髓系白血病
Lower Grade Glioma	LGG	脑低级别胶质瘤
Liver Cancer	LIHC	肝癌
Lung Adenocarcinoma	LUAD	肺腺癌
Lung Cancer	LUNG	肺癌
Lung Squamous Cell Carcinoma	LUSC	肺鳞状细胞癌
Mesothelioma	MESO	间皮瘤
Ovarian Cancer	OV	卵巢癌
Pancreatic Cancer	PAAD	胰腺癌
Pan-Cancer	PANCAN	泛癌
Pheochromocytoma & Paraganglioma	PCPG	嗜铬细胞瘤和副神经节瘤
Prostate Cancer	PRAD	前列腺癌
Rectal Cancer	READ	直肠癌
Sarcoma	SARC	肉瘤
Melanoma	SKCM	皮肤黑色素瘤
Stomach Cancer	STAD	胃癌
Testicular Cancer	TGCT	睾丸癌
Thyroid Cancer	THCA	甲状腺癌
Thymoma (THYM)	THYM	胸腺瘤
Endometrioid Cancer	UCEC	子宫内膜样癌
Uterine Carcinosarcoma	UCS	子宫癌肉瘤
Ocular melanomas	UVM	眼部黑色素瘤


这样就很清楚了，数据选择也是文章开始的重中之重，您选对数据集了没？

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桓峰基因

生物信息分析，SCI文章撰写及生物信息基础知识学习：R语言学习，perl基础编程，linux系统命令，Python遇见更好的你

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