Topic 21. 临床预测模型之Surv 创建生存对象

最新推荐文章于 2024-07-18 21:44:56 发布

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Surv 创建生存对象

创建一个生存对象，通常用作模型公式中的响应变量。参数匹配对于这个函数是特殊的，请参阅下面的详细信息。

Description

创建一个生存对象，通常用作模型公式中的响应变量。参数匹配对于此函数来说是特殊的，请参阅下面的详细信息。

Usage

Surv(time, time2, event,
    type=c('right', 'left', 'interval', 'counting', 'interval2', 'mstate'),
    origin=0)
is.Surv(x)

Arguments

time 对于右删失数据，这是后续时间。对于间隔数据，第一个参数是间隔的开始时间。
event 状态指示器，通常0=活着，1=死。其他选择是 TRUE / FALSE （ TRUE = 死亡）或 1/2（2 = 死亡）。对于区间删失数据，状态指示器为 0=右删失，1= time 处的事件，2=左删失，3=区间删失。对于多端点数据，事件变量将是一个因素，其第一级被视为审查。尽管不常见，但事件指示符可以省略，在这种情况下，假定所有受试者都发生了事件。
time2 仅用于间隔删失或计数过程数据的间隔结束时间。假定间隔在左侧开放，在右侧封闭， (start, end] 。对于计数过程数据， event 指示在时间间隔结束时是否发生事件。
type 指定审查类型的字符串。可能的值为 "right" 、 "left" 、 "counting" 、 "interval" 、 "interval2" 或 "mstate" 。
origin 用于计算过程数据的危险函数原点。此选项旨在与包含时间相关层的模型结合使用，以便在受试者从一个层跨越到另一个层时正确对齐受试者，但它很少被证明有用。
x 任何 R 对象。

Details

type

当 type 参数缺失时，代码将采用基于以下规则的类型：

如果有两个未命名参数，它们将按顺序匹配 time 和 event 。如果存在三个未命名参数，则它们匹配 time 、 time2 和 event 。

如果事件变量是一个因素，则假定类型为 mstate 。否则，如果没有 time2 参数，则键入 right ；如果有，则键入 counting 。

因此， type 参数通常会被省略。

当生存类型为 "mstate" 时，状态变量将被视为一个因素。该因子的第一级用于表示审查，其余级表示到给定状态的过渡。（如果状态变量是一个因素，则假定为 mstate 。）

区间删失数据可以用两种方式表示。首次使用 type = "interval" 和上面显示的代码。在该用法中，除非 event=3，否则 time2 参数的值将被忽略。第二种方法是将每个观察视为一个时间间隔，其中（-无穷大，t）表示左删失，（t，无穷大）表示右删失，（t，t）表示精确，（t1，t2）表示间隔。这是用于 type = Interval2 的方法。无限值可以用实际无穷大 (Inf) 或 NA 表示。事实证明，第二种形式更有用。

目前，唯一允许区间删失数据的方法是 survreg 计算的参数模型和 survfit 计算的生存曲线；对于这两种情况，开区间和闭区间之间的区别并不重要。这种区别对于计算过程数据和 Cox 模型很重要。

该函数尝试通过条件 if (max(status)==2) 区分对审查数据使用 0/1 和 1/2 编码。如果使用1/2编码并且对所有受试者进行审查，它就会猜测错误。在任何有问题的情况下，使用逻辑编码会更安全，例如， Surv(time, status==3) 将指示“3”是事件的代码。对于多状态生存，状态变量将是一个因素，假设其第一级对应于审查。

x

Surv 对象可以作为向量进行下标，例如使用单个下标的 x[1:3] ，在这种情况下， drop 参数将被忽略，结果将是一个生存对象；或使用两个下标作为矩阵。如果缺少第二个下标且为 drop=F （默认），则下标的结果将是 Surv 对象，例如 x[1:3,,drop=F] ，否则结果将是一个矩阵（或向量），根据下标矩阵的默认行为。

Value

类 Surv 的对象。有 print 、 is.na 和下标生存对象的方法。Surv 对象被实现为具有更多属性的 2 或 3 列矩阵。其中包括多状态对象的状态类型（左审查、右审查、计数过程等）和标签。输入参数的任何属性也保留在 inputAttributes 中。这对于在数据项（例如标签）上附加了更多信息的其他包可能很有用；然而，生存包中的例程 none 使用了这些值。

对于 is.Surv ，如果 x 继承自类 "Surv" ，则为逻辑值 TRUE ，否则为 FALSE 。

Note

使用 1/2 编码表示状态是一个有趣的历史文物。对于打孔卡上包含的数据，IBM 360 Fortran 将空白视为零，这导致 Mayo Clinic 生物统计学部分制定了一项政策，绝不使用 "0" 作为数据值，因为人们无法将其与缺失值区分开。政策变成了习惯，就像经常发生的那样，在生/死的打孔卡消亡之后，对生/死的 1/2 编码的使用仍然持续了很长一段时间。在编写 Surv 时，许多 Mayo 数据集仍然使用此约定，例如包中的 1994 lung 数据集。

Examples

library(survival)

## Warning: 程辑包'survival'是用R版本4.3.3 来建造的

with(aml, Surv(time, status))

##  [1]   9   13   13+  18   23   28+  31   34   45+  48  161+   5    5    8    8 
## [16]  12   16+  23   27   30   33   43   45

survfit(Surv(time, status) ~ ph.ecog, data=lung)

## Call: survfit(formula = Surv(time, status) ~ ph.ecog, data = lung)
## 
##    因为不存在，1个观察量被删除了 
##             n events median 0.95LCL 0.95UCL
## ph.ecog=0  63     37    394     348     574
## ph.ecog=1 113     82    306     268     429
## ph.ecog=2  50     44    199     156     288
## ph.ecog=3   1      1    118      NA      NA

Surv(heart$start, heart$stop, heart$event)

##   [1] (  0.0,  50.0]  (  0.0,   6.0]  (  0.0,   1.0+] (  1.0,  16.0] 
##   [5] (  0.0,  36.0+] ( 36.0,  39.0]  (  0.0,  18.0]  (  0.0,   3.0] 
##   [9] (  0.0,  51.0+] ( 51.0, 675.0]  (  0.0,  40.0]  (  0.0,  85.0] 
##  [13] (  0.0,  12.0+] ( 12.0,  58.0]  (  0.0,  26.0+] ( 26.0, 153.0] 
##  [17] (  0.0,   8.0]  (  0.0,  17.0+] ( 17.0,  81.0]  (  0.0,  37.0+]
##  [21] ( 37.0,1387.0]  (  0.0,   1.0]  (  0.0,  28.0+] ( 28.0, 308.0] 
##  [25] (  0.0,  36.0]  (  0.0,  20.0+] ( 20.0,  43.0]  (  0.0,  37.0] 
##  [29] (  0.0,  18.0+] ( 18.0,  28.0]  (  0.0,   8.0+] (  8.0,1032.0] 
##  [33] (  0.0,  12.0+] ( 12.0,  51.0]  (  0.0,   3.0+] (  3.0, 733.0] 
##  [37] (  0.0,  83.0+] ( 83.0, 219.0]  (  0.0,  25.0+] ( 25.0,1800.0+]
##  [41] (  0.0,1401.0+] (  0.0, 263.0]  (  0.0,  71.0+] ( 71.0,  72.0] 
##  [45] (  0.0,  35.0]  (  0.0,  16.0+] ( 16.0, 852.0]  (  0.0,  16.0] 
##  [49] (  0.0,  17.0+] ( 17.0,  77.0]  (  0.0,  51.0+] ( 51.0,1587.0+]
##  [53] (  0.0,  23.0+] ( 23.0,1572.0+] (  0.0,  12.0]  (  0.0,  46.0+]
##  [57] ( 46.0, 100.0]  (  0.0,  19.0+] ( 19.0,  66.0]  (  0.0,   4.5+]
##  [61] (  4.5,   5.0]  (  0.0,   2.0+] (  2.0,  53.0]  (  0.0,  41.0+]
##  [65] ( 41.0,1408.0+] (  0.0,  58.0+] ( 58.0,1322.0+] (  0.0,   3.0] 
##  [69] (  0.0,   2.0]  (  0.0,  40.0]  (  0.0,   1.0+] (  1.0,  45.0] 
##  [73] (  0.0,   2.0+] (  2.0, 996.0]  (  0.0,  21.0+] ( 21.0,  72.0] 
##  [77] (  0.0,   9.0]  (  0.0,  36.0+] ( 36.0,1142.0+] (  0.0,  83.0+]
##  [81] ( 83.0, 980.0]  (  0.0,  32.0+] ( 32.0, 285.0]  (  0.0, 102.0] 
##  [85] (  0.0,  41.0+] ( 41.0, 188.0]  (  0.0,   3.0]  (  0.0,  10.0+]
##  [89] ( 10.0,  61.0]  (  0.0,  67.0+] ( 67.0, 942.0+] (  0.0, 149.0] 
##  [93] (  0.0,  21.0+] ( 21.0, 343.0]  (  0.0,  78.0+] ( 78.0, 916.0+]
##  [97] (  0.0,   3.0+] (  3.0,  68.0]  (  0.0,   2.0]  (  0.0,  69.0] 
## [101] (  0.0,  27.0+] ( 27.0, 842.0+] (  0.0,  33.0+] ( 33.0, 584.0] 
## [105] (  0.0,  12.0+] ( 12.0,  78.0]  (  0.0,  32.0]  (  0.0,  57.0+]
## [109] ( 57.0, 285.0]  (  0.0,   3.0+] (  3.0,  68.0]  (  0.0,  10.0+]
## [113] ( 10.0, 670.0+] (  0.0,   5.0+] (  5.0,  30.0]  (  0.0,  31.0+]
## [117] ( 31.0, 620.0+] (  0.0,   4.0+] (  4.0, 596.0+] (  0.0,  27.0+]
## [121] ( 27.0,  90.0]  (  0.0,   5.0+] (  5.0,  17.0]  (  0.0,   2.0] 
## [125] (  0.0,  46.0+] ( 46.0, 545.0+] (  0.0,  21.0]  (  0.0, 210.0+]
## [129] (210.0, 515.0+] (  0.0,  67.0+] ( 67.0,  96.0]  (  0.0,  26.0+]
## [133] ( 26.0, 482.0+] (  0.0,   6.0+] (  6.0, 445.0+] (  0.0, 428.0+]
## [137] (  0.0,  32.0+] ( 32.0,  80.0]  (  0.0,  37.0+] ( 37.0, 334.0] 
## [141] (  0.0,   5.0]  (  0.0,   8.0+] (  8.0, 397.0+] (  0.0,  60.0+]
## [145] ( 60.0, 110.0]  (  0.0,  31.0+] ( 31.0, 370.0+] (  0.0, 139.0+]
## [149] (139.0, 207.0]  (  0.0, 160.0+] (160.0, 186.0]  (  0.0, 340.0] 
## [153] (  0.0, 310.0+] (310.0, 340.0+] (  0.0,  28.0+] ( 28.0, 265.0+]
## [157] (  0.0,   4.0+] (  4.0, 165.0]  (  0.0,   2.0+] (  2.0,  16.0] 
## [161] (  0.0,  13.0+] ( 13.0, 180.0+] (  0.0,  21.0+] ( 21.0, 131.0+]
## [165] (  0.0,  96.0+] ( 96.0, 109.0+] (  0.0,  21.0]  (  0.0,  38.0+]
## [169] ( 38.0,  39.0+] (  0.0,  31.0+] (  0.0,  11.0+] (  0.0,   6.0]

Reference

https://runebook.dev/zh/docs/r/library/survival/html/surv

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Topic 1. 临床标志物生信分析常规思路

Topic 2. 生存分析之 Kaplan-Meier

Topic 3. SCI文章第一张表格--基线表格

Topic 4. 临床预测模型构建 Logistic 回归

Topic 5. 样本量确定及分割

Topic 6 计数变量泊松回归

Topic 7. 临床预测模型--Cox回归

Topic 8. 临床预测模型-Lasso回归

Topic 9. SCI 文章第二张表—单因素回归分析表

Topic 10. 单因素 Logistic 回归分析—单因素分析表格

Topic 11. SCI中多元变量筛选—单/多因素表

Topic 12 临床预测模型—列线表 (Nomogram)

Topic 13. 临床预测模型—一致性指数 (C-index)

Topic 14. 临床预测模型之校准曲线 (Calibration curve)

Topic 15. 临床预测模型之决策曲线 (DCA)

Topic 16. 临床预测模型之接收者操作特征曲线 (ROC)

Topic 17. 临床预测模型之缺失值识别及可视化

Topic 18. 临床预测模型之缺失值插补方法

Topic 19. 临床预测模型之输出每个患者列线图得分 (nomogramFormula)

Topic 20. 临床预测模型之竞争风险模型及计算生存概率

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