查找玉米基因的方法之一

最新推荐文章于 2025-01-15 18:56:26 发布
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分类专栏： 生信 文章标签： 基因查找
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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_41470864/article/details/106320317
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本文介绍了通过Ensembl Gramene数据库查找玉米基因的方法，包括搜索特定名称如ALMT12，查看GENEID，获取外显子信息，并复制相关外显子序列进行研究。

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基于GFF3文件提取基因的位置信息
沉香best的博客
02-16 343
GFF3文件是一种常用的基因组注释文件格式，用于描述生物基因组的结构和功能元素。GFF3是“General Feature Format Version 3”的缩写，它由一系列字段组成，每个字段描述基因组中的特定特征，如基因、转录本、外显子等。这些字段包括：序列名称、特征类型、起始位置、终止位置、分数、方向、相位、分组以及属性信息等。GFF3文件通常用于存储和交换生物信息学数据，在生物信息学研究中广泛应用于基因组注释、基因组比较和功能预测等领域。
兰花花色苷合成相关R2R3-MYB基因的全基因组鉴定与分析
pilot_wan的博客
02-14 821
其中，66个（63%）CgMYB基因包含3个外显子，20个（19%）包含2个外显子，8个基因包含4个外显子，仅有6个基因包含超过4个外显子。超过一半（59%）的基因通过2个内含子和3个外显子进行剪接，而18个CgMYB基因包含1个内含子和2个外显子，其余基因的内含子数量在3到12个之间。尽管内含子和外显子的长度并不一致，但它们的数量分布表明，同一亚家族的基因序列结构高度相似。例如，S1亚家族的模式为2个内含子和3个外显子，而S4亚家族的模式为2个内含子和3个外显子或1个内含子和2个外显子。
maker 预测_一个玉米品种的基因组注释（maker）
weixin_39770311的博客
11-26 1697
使用maker软件，注释一个maizegdb上没有的玉米基因组。没有使用EVM的原因是过于繁琐，需要一步步调整，费事儿。尤其是EVM流程里面PASA更新，很多软件用conda安装的无法使用，少很多库，建议自己下载手动安装。每个课题需求不同，建议多看文献，选择适合自己所研究物种的方法。00_install softwares#1. RNA-seqconda install fastpcon...
gene ID转换
xxxxy314的博客
10-05 1898
Retrieve/ID mapping Enter identifiers, separated by a space or a new line, into the form field, for example: P31946 P62258 ALBU_HUMAN EFTU_ECOLI If you need to convert to another identifi
如何查找某个物种的基因组大小
邓飞----育种数据分析之放飞自我
01-24 4222
今天，一位老师问我一个问题： 猪的基因组大小是多少？ 我知道大约是2.5Gb，但是怎么查找呢？ 这里介绍一个通用的方法，对于某个物种，如何查看它的基因组大小呢。 1. 百度翻译走起 比如猪的英文，你不知道是什么，查一下： 我们知道了，它的英文名是pig 2，进入NCBI官网 NCBI官网：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 3，选择基因组（genome）数据库 键入pig，查询 4. 查看pig的界面 猪的基因组大小为：2458.64Mb 5. 试试猫的基因组大小 基因组
植物科学常用数据库和生物信息学工具2020
qq_44520665的博客
01-14 1万+
转载于公众号:Mol Plant植物科学 通用数据库 http://bigd.big.ac.cn/databasecommons/ 国家基因库下属数据库，涵盖各种生物的全面公开可用的数据信息 https://www.ncbi.nlm.nih.gov/ 美国国家生物技术信息中心的生物医学和基因组信息门户网站 https://www.oxfordjournals.org/nar/database/cat/13 牛津大学出版社提供的植物科学相关数据库的汇总网站 http://abc.gao-lab.org/ind
使用bedtools进行gwas基因注释
邓飞----育种数据分析之放飞自我
10-31 3576
软件github地址：https://github.com/arq5x/bedtools2/比较好的介绍文档：https://www.jieandze1314.com/post/cnposts/151/总的来说，bedtools实用工具是一把瑞士军刀，用于广泛的基因组学分析任务。最广泛使用的工具支持基因组算法：即基因组集合论。例如，bedtools允许人们以广泛使用的基因组文件格式（如BAM、BED、GFF/GTF、VCF）从多个文件中交叉、合并、计数、补充和混洗基因组间隔。
玉米mirna靶基因预测
最新发布
04-01
### 玉米miRNA靶基因预测的方法与工具 在生物信息学领域，针对植物尤其是玉米（Zea mays）的miRNA靶基因预测已经发展出了多种方法和工具。这些方法通常基于序列互补性、热力学稳定性以及机器学习模型来提高预测准确...
一种适合MSAP分析谷物干种子的DNA提取方法 (2014年)
06-12
针对玉米Zea mays (L.)等干种子富含多糖、蛋白质且与核酸结合紧密等特点，采用改良的CTAB-SDS法对其基因组总DNA 进行提取，对 DNA 进行质量检测，使用限制性内切酶EoRI和Hpa II酶切，进行MSAP分析。结果表明，改良...
旧版本的玉米参考基因组下载
2302_80012625的博客
01-15 225
https://ftp.ensemblgenomes.ebi.ac.uk/pub/release-50/plants/fasta/zea_mays/dna/ release-50是最后一版v4。
植物学中常用的数据库 | 汇总一
BioinfoDu
07-05 1519
拟南芥和一些非模式植物的功能基因网络改进数据库 http://greenc.sciencedesigners.com/wiki/Main_Page。CLIMtools：基于网络的研究拟南芥基因型、表型和环境相关性的交互式数据库工具。CRISPR-P: 用于植物基因组编辑的改进的CRISPR / Cas9工具包。DSDecode：基于Web的用于对目标突变基因型的序列色谱图进行解码的工具。
利用Python解决生物问题-根据指定基因ID提取序列
qq_44520665的博客
07-07 4001
根据指定id提取序列信息
查询水稻中已经功能验证与粒型相关的功能基因的途径
hgz2020的博客
08-28 1506
基因功能查询
Gene id 转换(四种基因各种id转换方法)
热门推荐
weixin_40739969的博客
04-17 11万+
对于这三种方法的使用参数在代码里面写了，你可以看看 先把基因集对应的注释包安装了，并且加载出来 library(org.Hs.eg.db)#这个是属于注释包，每个基因集可能对应的注释包不一样，要从基因集所在的平台找到对应的注释包，然后从bioconductor获取安装。 基因集准备 data(geneList, package="DOSE") gene <- names(geneList)...
optionsbuilder.isconfigured 一直为false_做「容量预估」可没有true和false
weixin_39998541的博客
11-30 386
我是一个着迷于产品和运营的技术人，乐于跨界的终身学习者。欢迎关注我哟～每周五早6点 按时送达～我的第「85」篇原创敬上​随着20年来互联网的蓬勃发展，一个软件系统所要面对的访问压力上限被逐渐提高。虽然如此，但是那些体量达到亿级或者是千万级的产品也只是少数公司的专属。对于整个行业里百万+的程序员群体来说，估计也就只有10%人有机会接触到这些“大系统”。所以，一提到容量预估，大家可能第一时间想到的是，...
ncbi查找目的基因序列_NCBI大搜索之目的基因寻踪
weixin_35682132的博客
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NCBI大搜索之目的基因寻踪最近经常碰到查找目的基因的问题，那今天就讲一下如何利用NCBI数据库查找目的基因！NCBI(National Center For Biotechnology Information),美国国家生物技术信息中心，分子生物学，生物化学及遗传学领域常用数据库。下面以人的GAPDH为例教你如何利用NCBI数据库寻找目的基因：01打开NCBI主页，选择需要查询的数据库...
基因ID
liufeichendi的专栏
12-16 2万+
各类基因ID转换基因ID分类 Ensembl的目标是为遗传学家，分子生物学家和其他研究人员研究我们自己的物种和其他脊椎动物和模式生物的基因组而提供集中的资源。Ensembl是几个知名的基因组浏览器之一，用于检索基因组学信息。 相似的数据库和浏览器还被发现在美国国家生物技术信息中心（National Center for Biotechnology Information，简称NCBI）(Entrez
全基因组基因家族成员相关数据获取
宁生信
06-06 1万+
一、基本分析内容 数据库检索与成员鉴定 进化树构建 保守domain和motif分析. 基因结构分析. 转录组或荧光定量表达分析. 二、数据库检索与成员鉴定 1、数据库检索 1）首先了解数据库用法，学会下载你要分析物种的基因组相关数据。一般也就是下面这些数据库了 Brachypodiumdb:http://www.brachypodium.org/ TAIR:http://ww
生物信息学数据库大全
qiuxue198598的专栏
01-09 9342
 综合数据库★ INSD,国际核酸序列数据库（International Nucleotide Sequence Databank）。由日本的DDBJ、欧洲的EMBL和美国的GenBank三家各自建立和共同维护。★ EMBL库，欧洲分子生物学实验室的DNA和RNA 序列库。 http://www.ebi.ac.uk/embl.html ★ GenBank ，美国国家生物技术
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