全基因组基因家族成员相关数据获取

一、基本分析内容
数据库检索与成员鉴定
进化树构建
保守domain和motif分析.
基因结构分析.
转录组或荧光定量表达分析.
二、数据库检索与成员鉴定
1、数据库检索
1）首先了解数据库用法，学会下载你要分析物种的基因组相关数据。一般也就是下面这些数据库了
Brachypodiumdb:http://www.brachypodium.org/
TAIR:http://www.arabidopsis.org/
Rice Genome Annotation Project ：http://rice.plantbiology.msu.edu/.
Phytozome:http://www.phytozome.net/
Ensemble:http://ensembl.gramene.org/genome_browser/index.html 
NCBI基因组数据库：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/assembly/?term=
2）已鉴定的家族成员获取。
      如何获得其他物种已发表某个基因家族的所有成员呢，最简单的就是下载该物种蛋白序列文件（可以从上述数据库中下载），然后按照文章中的ID，找到对应成员。对于没有全基因组鉴定的，可以下列数据库中找：
     a. NCBI: nucleotide and protein db.
     b. EBI: http://www.ebi.ac.uk/.
     c. UniProtKB:http://www.uniprot.org/uniprot/
2、比对工具。一般使用blast和hmmer，具体使用命令如下：
本地BLAST比对：formatdb–i db.fas–p