查询水稻中已经功能验证与粒型相关的功能基因的途径-CSDN博客

本文链接：https://blog.csdn.net/hgz2020/article/details/141643409

水稻是一种模式作物，有时自己想弄清楚水稻的粒长、粒宽和粒重等粒型前人已经功能验证过的相关功能基因（如表1），将与粒型相关的已功能验证过基因进行汇总（基因ID、QTL位点、染色体位置、定位区间、控制性状和参考文献来源），这些基因或者QTLs在染色体上的位置（图1），以及这些基因的功能注释（调控粒型通路等，表2）

文献来源（李堂等，2023）

1.途径

1.国家水稻数据中心（ricedata）：该平台提供了关于水稻不同性状的详细基因信息，包括粒重相关的QTL，如tgw2、GS3、qTGW3、qSW5、GW2、GS5、BG1、GW5、WTG1、qGL3等。

2.水稻信息网（RIGW）--RIGW：这是一个全面的籼稻基因组生物信息学平台，提供了基因组学、转录组学、蛋白质-蛋白质相互作用（PPIs）、代谢网络、代谢物和计算工具等资源，用户可以通过该平台查询基因相关信息。

3.文献综述：发表的论文中有关于水稻粒型基因如GW2基因的研究进展，这些论文可能包含了已经功能验证的与粒长和粒宽相关的基因的信息（最有效且重要的途径之一，文献综述里面就是针对某个农艺性状的相关基因进行汇总）。

4.RiceOme数据库（RiceOme）：这是一个为亚洲水稻比较和功能基因组学研究提供的综合性泛基因组数据库，用户可以通过该平台搜索基因的同源物、基因对、基因的宏观和微观区域的线性性等信息。

5.水稻基因数据库：由国家水稻数据中心维护，收集整理了国内外发现的水稻基因（包含QTL），用户可以根据基因符号或登录号进行精确检索，获取基因的详细信息。

2.对汇总与粒型相关的功能基因进行染色体定位可视化

在Linux系统中对汇总与粒型相关的功能基因进行染色体定位可视化，可以采用以下步骤和工具：

1.数据准备：确保你拥有基因的位置信息，通常这些信息存储在如GTF/GFF格式的基因注释文件中。

2.使用TBtools软件：TBtools是一个用户友好的生物信息分析工具，可以进行基因家族在染色体上的可视化分析。通过TBtools的“Graphics”菜单中的“Show Genes on Chromosome”功能，选择“Gene Location Visualize from GTF/GFF”选项进行操作（可参考实验篇——家族成员染色体位置分析_tbtools染色体定位-CSDN博客）。

3.使用R语言和chromoMap包：chromoMap是一个R包，可以进行染色体或染色体区域的可视化。首先需要安装chromoMap包，然后根据提供的示例准备染色体文件和注释文件。染色体文件需要包含染色体名称、起始位置、终止位置等信息，注释文件则包含基因或其他特征的位置和相关数据。使用chromoMap函数进行可视化绘图。

4.使用IGV工具：IGV（Integrative Genomics Viewer）是一个用于交互式探索基因组数据的高性能可视化工具。在Linux中安装IGV后，可以通过VNC等远程控制工具在Windows系统中进行操作。IGV支持BAM、VCF、BED等多种文件格式，可以加载参考基因组数据和排序后的BAM文件进行可视化。

5.使用bedtools工具：bedtools是一个用于基因组数据分析的实用工具集，可以用来根据染色体上的起止位置获取基因symbol。首先将坐标文件整理成bed格式，然后使用bedtools的intersect命令与基因组注释文件进行交集分析，以获取特定区域的基因信息。

6.JBrowse：JBrowse是一个基于Web的基因组浏览器，可以用来可视化基因组数据。通过JBrowse，可以查看特定染色体区间内的所有基因，并获取基因的功能注释信息。

7.命令行工具：Linux系统提供了强大的命令行工具，如awk、sed、grep等，可以用于处理和提取基因位置信息，为可视化分析做准备。

3.使用 TBtools 进行基因家族成员的染色体定位涉及那些准备文件

要使用 TBtools 进行基因家族成员的染色体定位，通常需要准备以下文件以及注意文件的内容格式：

基因家族成员列表文件：
- 这个文件包含了你想要进行染色体定位的所有基因的ID或名称。
- 通常是一个纯文本文件，每行一个基因ID。
基因组注释文件（GTF/GFF格式）：
- 这个文件包含了基因组上所有基因的注释信息，包括基因的位置、名称、类型等。
- GTF/GFF 文件是基因组注释的标准格式，包含了以制表符分隔的字段，每条记录代表一个基因或转录本。
基因密度文件（可选）：
- 如果需要展示基因密度，可以准备一个基因密度文件，这个文件包含了染色体上基因的分布密度信息。
染色体文件：
- 这个文件包含了染色体的基本信息，如染色体名称、染色体长度等。

文件内容格式示例：

基因家族成员列表文件 (gene_list.txt)：

Os01g01
Os01g02
Os02g001 ...
基因组注释文件 (genome_annotation.gtf)：

chr1 source "gene" 10000 20000 . + . gene_id "Os01g01"; gene_name "Gene1";
chr1 source "gene" 30000 40000 . + . gene_id "Os01g02"; gene_name "Gene2"; ...
基因密度文件 (gene_density.txt)：

chr1 1 5000000 1.2
chr2 1 7000000 0.8 ...
染色体文件 (chromosome.txt)：

chr1 1 249250621
chr2 1 243199373 ...