Amber MD结果转PDB + ffmpeg安装 + pymol 模拟轨迹动画

pymol绘制MD轨迹动画

MD结果格式转换

使用Amber跑完动力学，将轨迹文件转为pdb并保存，trap脚本如下：

## ensemble.cpptraj 将轨迹文件转为pdb
# xxx为蛋白质的拓扑文件
parm  ./xxx.prmtop
# 输入MD结果的轨迹文件，从第一帧到一万帧偏移量为10，
trajin ./md.nc  1 10000 10
autoimage
# rmsd拟合残基1-261（这是体系的大小）
rms fit:1-261
# 去除水和钠离子
strip :WAT
strip :Na+
# 输出轨迹结果并保存为pdb
trajout ensemble.pdb pdb
run

注意：没有run运行完不产生pdb文件

cpptraj -i ensemble.cpptraj

pymol ffmpeg安装

使用pymol处理MD轨迹动画需要保证软件已经安装ffmpeg模块，可在安装pymol的虚拟环境里面使用如下命令完成ffmpeg的安装

conda install -c menpo ffmpeg

亦或是在ffmpeg官网下载安装包，并加入环境变量中完成ffmpeg的安装

pymol轨迹动画

使用如下命令

#初始化
reinitialize

mset 1 x1000

# 设置蛋白质的可视化形式
as cartoon
# ensemble是pymol object的名字根据需要修改
mview store, 1, state=1, object=ensemble
mview store, 1000, state=1000, object=ensemble
intra_fit ensemble
# 使结果动画呈现效果更平滑
smooth

File—>Export Movie As—>MPEG—>Movie Format选择ffmpeg,根据需要修改width,Height,Quality—>选择MP4保存格式后保存到指定目录即可完成