Pymol入门教程--动画制作

Pymol入门教程–动画制作

Pymol中导入蛋白，在Pymol中调好蛋白的位置。

Pymol中命令行操作

mset 1 x180 #由目标分子复制生成180帧（frame）相同的状态（state）;
util.mroll 1, 180, 1 #以当前视野的Y轴旋转分子，得到180个state;
OR util.mrock(1,60,10,1,1)  # issues mdo commands to create +/- 10 deg. rock over 60 frames
set ray_shadows, off  #关掉立体光线阴影
Movie >> 勾选Ray Trace Frames; OR set ray_trace_frames=1
File >> Save Movie As >> PNG Images，选择路径，输入name，会自动保存180个分子旋转过程中的图片，png格式;
OR mpng E:/path/name  #保存所有states的png图片
另，File >> Save session，保存pse文件以备后续使用。

Pymol菜单操作

制作场景
移动结构->菜单sence->append-移动结构->菜单sence->append 。。。。

mset 1x900  #设置动画帧数 pymol 1秒30帧
mview store, 1 # 当前场景第1帧
mview store, 50 #当前场景第50帧
mview store, 150 # 回到初始场景

生成GIF动态图

(1) Linux下使用convert命令生成
将所有png图片上传到服务器，在LINUX环境下，运用convert命令生成动画图片，gif格式。

convert  *.png  t_rotate.gif  #convert功能十分强大，可另行学习各种图片编辑和转换操作

(2) Python脚本生成

import imageio, os, sys

def png_gif(path):
    png_lst = os.listdir(path)
    frames = []
    for i in png_lst:
        frames.append(imageio.imread(path + i))
    # for i in range(0, 51):
    #     i = i*4 + 1
    #     k = str(i)
    #     z = k.zfill(4)
        # frames.append(imageio.imread(path + "/pten" + z + ".png"))
    imageio.mimsave("result.gif", frames, 'GIF', duration=0.5)

def main():
    path = str(sys.argv[1])
    png_gif(path)
    
if __name__=="__main__":
    main()